Univerzální souprava R-qPCR s využitím interkalačního barviva SYBR Green 1

0540338 - ÚMG 2021 RIV CZ cze L - Prototype, f. module
Tůmová, Magda - Dráber, Petr - Dráber, M.
Univerzální souprava R-qPCR s využitím interkalačního barviva SYBR Green 1.
[Universal kit for R-qPCR with intercalation dye SYBR Green 1.]
Internal code: R-qPCR-UNIVERSAL SYBR ; 2020
Technical parameters: Jedná se o univerzální soupravu R-qPCR s využitím interkalačního barviva SYBR Green 1. Souprava obsahuje 1) HL pufr pro hybridizaci a ligaci, 2) R- qPCR Master Mix se SYBR Green barvivem a 3) DNA ligázu (SplintR). Souprava neobsahuje DNA sondy, ale obsahuje návod na navržení optimálních DNA sond. Soupravu bude vyrábět Top-Bio, s.r.o., sídlící ve Vestci, Průmyslová 596, PSČ 25250, která se podílela na řešení projektu.
Economic parameters: Univerzálních R-qPCR souprav s využitím SYBR Green 1 se může ročně prodat až několik tisíc kusů ročně se ziskem z domácího trhu v jednotkách jednotek miliónů Kč.
R&D Projects: GA MPO FV20479
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : Quantification of gene expression * DNA ligase * quantitattive polymerase chain reaction * enhancers of PCR and DNA ligation
OECD category: Human genetics

V rámci tohoto projektu byla vyvinuta nová zjednodušená univerzální metoda pro kvantifikaci exprese genů. Metoda spočívá ve vazbě specifických DNA oligonukleotidových sond na templátovou RNA, ligaci DNA sond vázaných na mRNA pomocí DNA ligázy a následné aplifikaci ligovaných úseků DNA pomocí qPCR. Byly vyvinuty pufrované roztoky s aditivy, které umožňují provést hybridizaci, ligaci i qPCR v jedné zkumavce. Tato metoda byla využita pro přípravu prototypu univerzální soupravu mRNA. Souprava obsahuje všechny komponenty nutné pro kvantifikaci vybrané mRNA, včetně návodu na navržení specifických oligonukleotidových primerů, ligaci a amplifikaci ligovaných fragmentů pomocí qPCR s využitím interkalačního barviva SYBR Green 1. Dvojice oligonukleotidových sond specifických prouživatelem zvolenou mRNA a amplifikační primery nejsou součástí soupravy.

Within this project, a new simplified method for quantification of gene expression was developed. This method consists of binding specific DNA oligonucleotide probes with mRNA, ligating DNA probes bound to mRNA by DNA ligase, and then amplifying the ligated DNA segments with qPCR. Buffered solutions with additives have been developed that allow hybridization, ligation and qPCR to be performed in a single tube. A kit for the determination of user selected mRNA has been designed. The kit contains all the necessary components for the quantification of gene expression from isolated RNA, including instructions for design of specific oligonucleotide primers, enzymes needed for ligation and amplification of ligated fragments by qPCR using SYBR Green 1 intercalation dye. Oligonucleotide DNA probes specific for selected mRNAs and amplification DNA primers are not included in the kit.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0318210