Protokol o ověření technologie zpracování sekvenačních dat za účelem vizualizace - Extended Cross-Population heatmap

0523463 - ÚMG 2020 RIV CZ cze Z - Pilot plant, v. technol., variety, breed
Kolář, Michal
Protokol o ověření technologie zpracování sekvenačních dat za účelem vizualizace - Extended Cross-Population heatmap.
[Protocol on verification of sequencing data processing technology for visualization - Extended Cross-Population heatmap.]
Internal code: TG01010066-V3-6 ; 2019
Technical parameters: EXPheatmap je softwarová knihovna programovacího jazyka Python 3, která umožňuje zpracovat (nejenom) genomická populační data poskytnutá ve standardní formě tak, aby došlo k vizualizaci výsledků komplexních mezipopulačních vztahů. Hlavní důraz je zde kladen na přehlednou prezentaci dat, která jsou typicky vysoce mnohorozměrná. Knihovna zahrnuje i funkce použitelné na předzpracování dat a statistické posouzení dat (výpočet a transformace p hodnot). Tyto funkcionality výrazně zjednodušší uživatelům analýzu sekvenačních dat.
Economic parameters: Výsledek je využíván zejména řešitelem dotace na jehož pracovišti dosahují díky využití výsledku reálné úspory zhruba 10.000,- Kč až 100.000,- Kč ročně podle intenzity práce s výsledkem v konkrétní laboratoři řešitele.
R&D Projects: GA TA ČR(CZ) TG01010066
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : Cross-Population * heatmap * visualization
OECD category: Biochemistry and molecular biology

EXPheatmap je softwarová knihovna programovacího jazyka Python 3, která umožňuje zpracovat (nejenom) genomická populační data poskytnutá ve standardní formě tak, aby došlo k vizualizaci výsledků komplexních mezipopulačních vztahů. Hlavní důraz je zde kladen na přehlednou prezentaci dat, která jsou typicky vysoce mnohorozměrná. Knihovna zahrnuje i funkce použitelné na předzpracování dat a statistické posouzení dat (výpočet a transformace p hodnot). Tyto funkcionality výrazně zjednodušší uživatelům analýzu sekvenačních dat.



EXPheatmap is a Python 3 programming language software library that allows you to process (not only) genomic population data provided in standard form to visualize the results of complex interpopulation relationships. The main emphasis here is on a well-arranged presentation of data, which are typically highly multidimensional. The library also includes functions for data preprocessing and statistical data assessment (calculation and transformation of p values). These features greatly simplify the user's sequencing data analysis.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0307818