Technologie selekce a přípravy aptameru pro izolaci Taq DNA polymerázy

0427021 - ÚMG 2014 RIV CZ cze Z - Pilot plant, v. technol., variety, breed
Redchenko, Olexii - Dráber, Petr
Technologie selekce a přípravy aptameru pro izolaci Taq DNA polymerázy.
[Technology for selection and preparation of aptamer for isolation of Taq DNA polymerase.]
Internal code: - ; 2013
Technical parameters: Technologie selekce a přípravy aptameru pro izolaci Taq DNA polymerázy
Economic parameters: předáno pro komerční využití firmě Top-Bio s.r.o., IČ 64578895
R&D Projects: GA TA ČR TA01010436
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : Taq DNA polymerase * aptamer * affinity chromatography
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology

Byla vyvinuta nová metoda na získání aptameru proti Taq DNA polymeráze s cílem využít tento aptamer pro nový jednodušší způsob izolace Taq DNA polymerázy. Nová metoda zahrnuje preabsorbci oligonukleotidových knihoven na irrelevantních proteinech a dále kombinaci různých přístupů pro izolaci aptamerů s využitím cílového proteinu imobilizovaného na různých podkladech. V dříve používaných opakovaných cyklech procedur SELEX se obvykle komponenty knihoven váží stále na tentýž cílový protein imobilizovaný na stejném podkladu. Pokud některý z aptamerů knihovny reaguje s imobilizujícím podkladem nebo složkami, které blokují nespecifickou absorpci, dochází k jeho nabohacení společně s požadovanými aptamery. Navrhovaná metoda tento problém odstraňuje. Nová metoda byla ověřena na vývojovém pracovišti firmy Top-Bio s.r.o. a na Oddělení signální transdukce ÚMG. Vybrané aptamery anti-Taq získané jako syntetické čisté látky byly testovány z hlediska použitelnosti izolaci Taq DNA polymerázy. Výsledky ukázaly, že biotinylované aptamery umožňují rychlou a zjednodušenou izolaci enzymu.

A new method was developed for obtaining aptamers specific for Taq DNA polymerase and suitable for so called hot-start PCR. The method involves preabsorbtion of oligonucleotide libraries on irrelevant proteins followed by combination of different approaches for isolation of aptamers immobilized on different carriers. In previously used repeated cycles of procedure SELEX, the components of oligonucleotide library bind on the protein immobilized to the same target structure. However, if some aptamers interacts with immobilizing matrix or components that are used to block non-specific absorption, both specific and other aptamers are enriched during SELEX procedure. Newly developed method this problem removes. New method was verified in the developmental laboratory of Top-Bio s.r.o. and in the Department of Signal Transduction at IMG. Anti-Taq aptamers obtained as synthetic substances were tested for isolation of Taq DNA polymerase. Data showed that biotinylated aptamers were suitable for rapid and simplified isolation of the enzyme.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0232635