DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje?

0425551 - ÚBO 2014 CZ slo A - Abstract
Aghová, Tatiana - Pialek, L. - Čížková, Dagmar - Šumbera, R. - Bryja, Josef
DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje?
Zoologické dny Ostrava 2014: sborník abstraktů z konference 6.-7. února 2014. Brno: Ústav biologie obratlovců AV ČR, 2014 - (Bryja, J.; Drozd, P.). s. 23. ISBN 978-80-87189-16-0.
[Zoologické dny. 06.02.2014-07.02.2014, Ostrava]
R&D Projects: GA ČR GAP506/10/0983; GA MŠMT EE2.3.20.0303; GA MŠMT EE2.3.35.0026
Institutional support: RVO:68081766
Keywords : DNA barcoding
Subject RIV: EG - Zoology

Muzeijné vzorky, predovšetkým typový materiál a vzorky z ťažko dostupných oblastí, sú hodnotným zdrojom informácii pre rôzne odvetvia zoologického výskumu (napr. taxonómia, biogeografia). DNA izolovaná z muzeijných vzoriek má však nízku kvalitu aj kvantitu. Najčastejším problémom je degradácia DNA a/alebo kontaminácia exogénnou DNA. Na genetickú identifikáciu materiálu z múzeí je vhodnou metódou DNA barcoding, ktorý je u cicavcov založený na krátkej sekvencii cytochrómu b (136 bp). Vďaka novým možnostiam, ktoré prináša sekvenovanie novej generácie (NGS), môžme získať obrovské množstvo DNA sekvencií za prijateľnú cenu a mieru úsilia. Takzvané paralelné sekvenovanie amplikónov umožňuje osekvenovať každé vlákno DNA separátne (podobne ako pri klonovaní), čo umožňuje odlíšiť identifikovaného jedinca od kontaminácie. V našom projekte sme zozbierali viac ako 200 vzoriek afrických hlodavcov, ktoré sme označili, zmultiplexovali dohromady a následne osekvenovali v jednom behu na platforme 454 GS-Junior. Napriek značným komplikáciam, ktoré vznikli pri kvantifikácii PCR knižnice a emulznej PCR, sme sekvenovaním získali cca 46 tisíc sekvencii, ktoré spracovávame pomocou programu SE|S|AM|E Barcode, ktorý bol špeciálne navrhnutý na tento účel. Cieľom prednášky je poukázať na značné výhody využitia NGS pri spracovaní muzeijného materiálu ako aj upozorniť na komplikácie, ktoré pri analýze môžu vzniknúť.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0231457