Genetics and Genomics of the Triticeae

0337710 - ÚEB 2010 RIV US eng M - Monography Chapter
Doležel, Jaroslav - Šimková, Hana - Kubaláková, Marie - Šafář, Jan - Suchánková, Pavla - Čihalíková, Jarmila - Bartoš, Jan - Valárik, Miroslav
Chromosome Genomics in the Triticeae.
[Genomika chromozómů u Triticeae.]
Genetics and Genomics of the Triticeae. New York: Springer, 2009 - (Feuillet, C.; Muehlbauer, G.), s. 285-316. ISBN 978-0-387-77488-6
R&D Projects: GA ČR GA521/06/1723; GA ČR GA521/07/1573; GA MŠMT(CZ) LC06004; GA MŠMT OC08025
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50380511
Keywords : Wheat * Triticeae * physical mapping
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology

Polyploidy and the presence of repeats make gene cloning and genome sequencing in the Triticeae extremely difficult, especially for tetraploid and hexaploid wheat. Chromosome genomics simplifies these tasks by targeting single chromosomes and chromosome arms, which represent only a few percent of the nuclear genomes. The advantages of this strategy over a whole-genome approach include the avoidance of problems due to the presence of homoeologs in wheat, reduction of work to manageable portions, cost efficiency, and an opportunity to structure collaborative projects where individual laboratories work on particular chromosomes. In this chapter, we describe how chromosomes and chromosome arms can be isolated by flow cytometric sorting and we review development of flow cytogenetics in the Triticeae. We then discuss various applications of flow-sorted chromosomes and assess the potential of chromosome genomics in the Triticeae.

Přítomnost polyploidie a repetitivních sekvencí u zástupců skupiny Triticeae, především pak u tetraploidní pšenice tvrdé a hexaploidní pšenice seté, výrazně znesnadňuje klonování genů a sekvenování genomu. Chromozómová genomika se zaměřuje na jednotlivé chromozómy či chromozómová ramena, která reprezentují pouze několik procent jaderného genomu. Výhoda této strategie, ve srovnání s celogenomovým přístupem, spočívá ve vyloučení problémů pramenících z přítomnosti homeologních genomů pšenice, v redukci práce na zvladatelnou úroveň, a to i z finančního hlediska, a v možnosti realizovat projekty, kdy jednotlivé laboratoře pracují na jednotlivých chromozómech. Tato kapitola popisuje metodu izolace chromozómů a jejich ramen tříděním průtokovou cytometrií a zhodnocuje vývoj cytogenetiky Triticeae. Dále pak diskutuje různá využití tříděných chromozómů a zhodnocuje možnosti genomiky chromozómů skupiny Triticeae.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0181643