Number of the records: 1
Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength
- 1.0333332 - BFÚ 2010 RIV GB eng J - Journal Article
Beššeová, Ivana - Otyepka, Michal - Réblová, Kamila - Šponer, Jiří
Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength.
[Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a velikosti iontové síly.]
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 11, č. 45 (2009), s. 10701-10711. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA AV ČR(CZ) KJB400040901; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA ČR(CZ) GD203/09/H046
Grant - others:GA MŠk(CZ) LC512; GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: LC; GA
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : force fileds * RNA * A-form
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.116, year: 2009
We carried out an extensive molecular dynamics study on three A-RNA duplexes. Dependence of the A-RNA geometry on force fields (Parm99 and Parmbsc0) and salt strength conditions was investigated. The Parmbsc0 force field makes the A-RNA duplex more compact in comparison to the Parm99 by preventing temporary alpha/gamma t/t flips common in Parm99 simulations. The stabilization of the A-RNA helices caused by the Parmbsc0 force field includes visible reduction of the major groove width, increase of the base pair roll, larger helical inclination and small increases of twist. Therefore, the Parmbsc0 shifts the simulated duplexes more deeply into the A-form.
Provedli jsme extenzivní molekulově dynamickou studii tří A-RNA duplexů. Testovali jsme závislost geometrie A-RNA na silovém poli (Parm99 a Parmbsc0) a na velikosti iontové síly. Silové pole Parmbsc0 zabraňuje dočasným alfa/gama t/t přechodům, čímž zkompaktňuje A-RNA duplex ve srovnání se silovým polem Parm99. Stabilizace A-RNA ve srovnání s Parmbsc0 zahrnuje viditelnou redukci šířky velkého žlábku, zvýšení parametru roll, zvětšení helikální inklinace a malé zvýšení twistu. Silové pole Parmbsc0 tak posouvá simulované duplexy více do A-formy.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0178344
Number of the records: 1