0328549 - ÚTIA 2010 RIV CZ eng L4 - Software
Schier, Jan
Preprocessing of images of Petri dishes.
[Předzpracování snímků Petriho misek.]
Internal code: demo programu ; 2009
Technical parameters: demo balíček

R&D Projects: GA MŠMT(CZ) 1M0567
Institutional research plan: CEZ:AV0Z10750506
Keywords : image processing * Petri dish * colonies counting
Subject RIV: JC - Computer Hardware ; Software

The package contains demo of preprocessing of images of Petri dishes containing yeast colonies. The algorithms, contained in this demo, represent one part of a software tool used to determine relative coverage of the dish, to estimate the number of colonies, and, using simple graphical tool, to correct this estimate. The algorithms, contained in the package, perform thresholding of an image so that the background is eliminated, exact localization of the dish and finally determine the diameter of the dish image. The exact way of processing is described in the included documentation. The output of the demo, contained in the package, are two images: the original (grayscale) image with markings of the dish center and the region-of-interest and the cropped image with thresholding and cropping, containing (grayscale) yeast colonies on a black background, with circle marking the region-of-interest.

V balíčku je demo předzpracování snímků Petriho misek s koloniemi kvasinek. Algoritmy, obsažené v demu jsou součástí softwarového nástroje, umožňujícího určit relativní plochu pokrytí misky koloniemi, odhadnout jejich počet a pomocí jednoduchého grafického nástroje tento odhad upřesnit. Algoritmy, použité v demobalíčku, provedou prahování obrazu, tak, aby bylo odstraněno pozadí snímku, přesnou lokalizaci misky a určí její průměr ve snímku. Použitý způsob zpracování je popsán v přiložené dokumentaci. Výstupem dema, obsaženého v balíčku, jsou dva snímky: původní snímek s vyznačením středu misky a oblasti zájmu (region-of-interest, ROI) a oprahovaný a oříznutý snímek, obsahující kolonie kvasinek na černém pozadí, s vykreslenou kružnicí oblasti zájmu.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0174840