Effects of restrained sampling space and nonplanar amino groups on free-energy predictions for RNA with imino and sheared tandem GA base pairs flanked by GC, CG, iGiC or iCiG base pairs

0328538 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Journal Article
Yildirim, I. - Stern, H.A. - Šponer, Jiří - Špačková, Naďa - Turner, D.H.
Effects of restrained sampling space and nonplanar amino groups on free-energy predictions for RNA with imino and sheared tandem GA base pairs flanked by GC, CG, iGiC or iCiG base pairs.
[Efekt omezeného sámplování a neplenárních aminoskupin na volnou energii predikcí pro RNA s imino a "sheared" hromadnými páry bází GA obklopenými páry GC, CT, iGiC nebo iCiG.]
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 8 (2009), s. 2088-2100. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
R&D Projects: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA MŠMT(CZ) LC06030
Grant - others:GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : base pairs * NMR * amber force field
Subject RIV: BO - Biophysics
Impact factor: 4.804, year: 2009

Guanine-adenine (GA) base pairs play important roles in determining the structure, dynamics, and stability of RNA. Calculations reported here test the thermodynamic integration (TI) approach with the amber99 force field by comparing computational predictions of free energy differences with the free energy differences expected on the basis of NMR determined structures of the RNA motifs.

Guanino adeninové páry bází hrají důležitou roli při určení struktury, dynamiky a stability RNA. Předložené výpočty testují přístup termodynamické integrace se silovým polem amber99 srovnáním vypočtených předpovědí rozdílů volných energií s rozdíly volných energií očekávaných na základě struktur RNA motivů určených pomocí NMR.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0174831