Detection of non-canonical DNA structures in genomic DNA sequences by enzymatic, electrophoretic and in silico methods

0324728 - BFÚ 2009 CZ eng A - Abstract
Brázdová, Marie - Kyjovský, Ivo - Tichý, Vlastimil - Navrátilová, Lucie - Loscher, Ch. - Jurčo, J. - Kotrs, J. - Lexa, M. - Martínek, T. - Tolstonog, G. - Fojta, Miroslav - Paleček, Emil - Deppert, W.
Detection of non-canonical DNA structures in genomic DNA sequences by enzymatic, electrophoretic and in silico methods.
[Detekce nekanonických DNA struktur v sekvencích genomové DNA metodami enzymatickými, elektroforetickými a in silico.]
Sborník příspěvků. Brno, 2009. s. 78. ISBN 978-80-210-4830-0.
[Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů /13./. 14.04.2009-15.04.2009, Brno]
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) 1K04119; GA MŠMT(CZ) LC06035; GA ČR(CZ) GP204/06/P369; GA ČR(CZ) GA204/08/1560; GA AV ČR(CZ) IAA500040701
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Keywords : mutant p53 * non-canonical DNA * glioblastoma cells
Subject RIV: BO - Biophysics

In our work we analyzed genomic fragments from glioblastoma cells U251 and Onda that seemed to be original binding sites of mutant p53 protein. In these fragments we detected repetitive character of DNA, non-canonical structures, DNA triplexes and cruciforms by enzymatic, electrophoretic and silico methods.

V naší práci jsme analyzovali dvě knihy genomových fragmentů z glioblastomových buněk U251 a Onda, které byly získány jako přirozená vazebná místa mutantních proteinů p53. Za pomocí enzymatických, elektroforetických a in-silico metod jsme v získaných fragmentech prováděli detekci repetitivního charakteru DNA, nekanonických struktur, DNA triplexů a křížových struktur.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0172351