Program NovaQ

0322050 - MBÚ 2009 RIV CZ eng L - Prototype, f. module
Strohalm, Martin - Havlíček, Vladimír - Novák, Petr - Man, Petr - Pompach, Petr - Kavan, Daniel - Lemr, Karel
Program NovaQ.
[Program NovaQ.]
Internal code: FVZ/MBU/MS-Quantitation01 ; 2008
Technical parameters: Program pracuje na platformě Windows XP (Microsoft Corporation) a MacOS
Economic parameters: Program poskytuje přesnější kvantitativní stanovení bílkovin
R&D Projects: GA MŠMT LC07017
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50200510
Keywords : mass spectrometry * protein quantitation * workflow
Subject RIV: EE - Microbiology, Virology

A new program NovaQ was developed for precise protein quantitation by mass spectrometry and SILAC labeling. The program works under Microsoft Wingows XP as well as MacOS patforms. By using peptide mass fingerprinting with 1.5 ppm mass tolerance we were able to utilize far more data retained in MS scans which would normally be missed by a standard processing method. This new way of data interpretation results in an improvement of the relevance of quantitation experiments and enabled us to search and quantify different types of post-translational modifications. Furthermore, we used this technique to distinguish among different protein isoforms, commonly returned by Mascot search engine

Byl vytvořen nový počítačový program NovaQ, který byl vyvinut pro získávání presnějších kvantitativních dat technikami hmotnostní spektrometrie a SILAC. Způsobem spolehlivějšího stanovení proteinů je oproti současnému stavu identifikováno 2krát až 7krát více jejich peptidů, získáno vyšší sekvenční pokrytí analyzovaného proteinového řetězce a nově jsou i identifikovány důležité posttranslační modifikace či jiné významné změny na aminokyselinách, peptidech, proteinech. Snižuje se nepřesnost kvantifikace proteinů vlivem jednoznačnějšího určení peptidů
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0170413