Genome-Wide Co-Expression Analysis in Multiple Tissues

0318235 - FGÚ 2009 RIV US eng J - Journal Article
Grieve, I.C. - Dickens, N. J. - Pravenec, Michal - Křen, Vladimír - Hubner, N. - Cook, S.A. - Aitman, T. J. - Petretto, E. - Mangion, J.
Genome-Wide Co-Expression Analysis in Multiple Tissues.
[Celogenomová koexpresní analýza v několika tkáních.]
PLoS ONE. Roč. 3, č. 12 (2008), e4033-e4033. ISSN 1932-6203. E-ISSN 1932-6203
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) 1M0520; GA MŠMT(CZ) ME08006; GA MŠMT(CZ) 1P05ME791; GA ČR(CZ) GA301/06/0028; GA ČR(CZ) GA301/08/0166
Grant - others:EURATools(XE) LSHG-CT-2005-019015; HHMI(US) 55005624
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50110509
Keywords : Cis- and trans-eQTL * coexpression analysis in multiple tissues * recombinant inbred strains
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology

Expression quantitative trait loci (eQTLs) represent genetic control points of gene expression, and can be categorized as cis and trans-acting, reflecting local and distant regulation of gene expression respectively. We have mapped thousands of cis- and trans-eQTLs in four tissues (fat, kidney, adrenal and left ventricle) in a large panel of rat recombinant inbred (RI) strains. Here we investigate the genome-wide correlation structure in expression levels of eQTL transcripts and underlying genotypes to elucidate the nature of co-regulation within cis- and trans-eQTL datasets

Expresní lokusy kvantitativních znaků (eQTL, expression quantitative trait loci) představují genetické determinanty genové exprese, které lze rozdělit na cis a trans regulované. Zmapovali jsme tisíce cis a trans regulovaných eQTL ve čtyřech tkáních (tuk, ledvina, nadledvina a levá komora srdeční) u početného panelu rekombinantních inbredních kmenů. V této studii jsme analyzovali celogenomovou korelační strukturu eQTL transkriptů a podmiňujících genotypů s cílem odhalit povahu koregulací cis a trans regulovaných eQTL v jednotlivých tkáních
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0167703