3D Reconstruction of large tissue specimens using confocal microscopy data and correction of deformations by elastic registration

0313830 - FGÚ 2009 RIV CZ eng J - Journal Article
Čapek, Martin - Brůža, Petr - Janáček, Jiří - Karen, Petr - Kubínová, Lucie - Vagnerová, R. - Hána, K. - Smrčka, P.
3D Reconstruction of large tissue specimens using confocal microscopy data and correction of deformations by elastic registration.
[3D rekonstrukce velkých tkáňových preparátů využívající konfokální data a korekce deformací s použitím elastické registrace.]
Lékař a technika. Biomedicinské inženýrství a informatika. Roč. 38, č. 2 (2008), s. 92-96. ISSN 0301-5491.
[YBERC ´08:Biomedical engineering conference of young biomedical engineers and researches /3./. Ostrava, 08.07.2008-10.07.2008]
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06063; GA ČR(CZ) GA102/08/0691; GA AV ČR(CZ) IAA500200510; GA AV ČR(CZ) IAA100110502
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50110509
Keywords : confocal microscopy * volume reconstruction
Subject RIV: JD - Computer Applications, Robotics

We present a complex approach to volume reconstruction of large tissue specimens. It consists of embedding the specimen into a paraffin block and using this non-deparaffinized specimen for reconstruction; Cutting the specimen into physical slices with simultaneous recording pictures from the cutting plane of the block by a USB light microscope to obtain a-priori image information about the original size and shape of the specimen; Acquisition of data by a confocal microscope; Composition of a high-resolution image from confocal data by using rigid-body and elastic registration techniques incorporating images captured by the USB light microscope to preserve original shape and size of the specimen

Prezentujeme 3D rekonstrukci velkých tkáňových preparátů, která využívá konfokální data a korekci deformací s použitím elastické registrace. Spolu s konfokálními daty se snímají obrazy řezných ploch preparátu světelným mikroskopem, které se využívají na korekci deformací preparátu způsobených jeho krájením
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0164533