Innovative Methods for Soil DNA Purification Tested in Soils with Widely Differing Characteristics

0313116 - MBÚ 2009 RIV US eng J - Journal Article
Ságová-Marečková, Markéta - Čermák, Ladislav - Novotná, Jitka - Plháčková, Kamila - Forstová, Jana - Kopecký, Jan
Innovative Methods for Soil DNA Purification Tested in Soils with Widely Differing Characteristics.
[Inovační metody pro čištění DNA z půdních vzorků testované na vzorcích půdy s odlišnými vlastnostmi.]
Applied and Environmental Microbiology. Roč. 74, č. 9 (2008), s. 2902-2907. ISSN 0099-2240. E-ISSN 1098-5336
R&D Projects: GA AV ČR IAA6020410; GA AV ČR IAA600200519
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50200510
Keywords : soil characteristic * dna * purification
Subject RIV: EE - Microbiology, Virology
Impact factor: 3.801, year: 2008

Seven methods of soil DNA extraction and purification were tested in a set of 14 soils differing in bedrock, texture, pH, salinity, moisture, organic matter content, and vegetation cover. The methods introduced in this study included pretreatment of soil with CaCO3 or purification of extracted DNA by CaCl2. The performanceof innovated methods was compared to that of the commercial kit Mo Bio PowerSoil and the phenol chloroform-based method of D. N. Miller, J. E. Bryant, E. L. Madsen, and W. C. Ghiorse (Appl. Environ.Microbiol. 65:4715–4724, 1999). This study demonstrated significant differences between the tested methods in terms of DNA yield, PCR performance, and recovered bacterial diversity. The differences in DNA yields were correlated to vegetation cover, soil pH, and clay content. The differences in PCR performances were correlatedto vegetation cover and soil pH

Sedm metod extrakce a purifikace půdní DNA bylo testováno na 14 půdách, které se lišily matečnou horninou, texturou, pH, salinitou,obsahem organické hmoty, vlhkostí a vegetačním pokryvem. Metody zaváděné v této studii zahrnují opracování půdy CaCO3 nebo purifikaci extrahované DNA CaCl2. Inovované metody byly srovnány s komerčním kitem MoBio PowerSoil a metodou založenou na fenol-chloroformové extrakci podle D. N. Miller, J. E. Bryant, E. L. Madsen, and W. C. Ghiorse (Appl. Environ.Microbiol. 65:4715–4724, 1999). Tato studie demonstrovala významné rozdíly mezi testovanými metodami ve výtěžku DNA, úspěšnosti PCR a získané bakteriální diverzitě. Rozdíly ve výtěžcích DNA korelovaly s vegetačním pokryvem, pH půdy a obsahem jílu. Rozdíly v úspěšnosti prováděné PCR korelovaly s vegetačním pokryvem pH půdy
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0164028