The identity of the transcription +1 position is crucial for changes in gene expression in response to amino acid starvation in Bacillus subtilis

0310258 - ÚMG 2008 RIV GB eng J - Journal Article
Krásný, Libor - Tišerová, Hana - Jonák, Jiří - Rejman, Dominik - Šanderová, Hana
The identity of the transcription +1 position is crucial for changes in gene expression in response to amino acid starvation in Bacillus subtilis.
[Identita transkripční pozice +1 je klíčová pro změny genové exprese při odpovědi na aminokyselinové hladovění u Bacillus subtilis.]
Molecular Microbiology. Roč. 69, č. 1 (2008), s. 42-54. ISSN 0950-382X. E-ISSN 1365-2958
R&D Projects: GA ČR GP204/05/P510; GA MŠMT 2B06065
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50520514; CEZ:AV0Z50200510; CEZ:AV0Z40550506
Keywords : RNA polymerase * transcription * start site identity * Bacillus
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 5.213, year: 2008

We identify here a pattern in the transcription start sites (+1A or +1G) of A- dependent promoters of genes that are up-/down-regulated in response to amino acid starvation (stringent response) in Bacillus subtilis. Upregulated promoters initiate mostly with ATP and downregulated promoters with GTP. These promoters appear to be sensitive to changes in initiating NTP concentrations. During the stringent response in B. subtilis, when ATP and GTP levels change reciprocally, the identity of the +1 position (A or G) of these promoters is a factor important in their regulation. Mutations that change the identity of position +1 (A for G and vice versa) change the response of the promoter to amino acid starvation.

Identifikovali jsme nenáhodné rozložení transkripčních startů (+1A nebo +1G) A-závislých promotorů pro geny, jejichž exprese je buď zvýšena nebo snížena při hladovění po aminokyselinách (tzv. stringentní odpověď) u Bacillus subtilis. Promotory pro geny, jejichž exprese se zvýší, iniciují většinou ATP a promotory pro geny, jejichž exprese se sníží, iniciují GTP. Všechny tyto promotory se jeví jako senzitivní vůči změnám koncentrací iniciačních NTP. V průběhu stringentní odpovědi u B. subtilis, kdy dochází k současné, opačné změně koncentrací ATP a GTP, je identita pozice +1 (A nebo G) těchto promotorů faktorem důležitým pro jejich regulaci. Mutace, které mění identitu této pozice (A za G a naopak) mění i odpověď promotoru na aminokyselinové hladovění.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0162184