Aminophenyl- and nirophenyl-labeled DNA. Synthesis by polymerase incorporation of nucleoside triphosphates and electrochemical properties

0309906 - ÚOCHB 2009 RIV CZ eng C - Conference Paper (international conference)
Cahová, Hana - Havran, Luděk - Horáková Brázdilová, Petra - Pivoňková, Hana - Fojta, Miroslav - Hocek, Michal
Aminophenyl- and nirophenyl-labeled DNA. Synthesis by polymerase incorporation of nucleoside triphosphates and electrochemical properties.
[DNA značená aminofenylem a nitrofenylem. Syntéza pomocí enzymatické inkorporace modifikovaných nukleosid trifosfátů, studium elektrochemických vlastností takto značené DNA.]
Chemistry of Nucleic Acid Components. Praha: Institute of Organic Chemistry and Biochemistry ASCR, 2008 - (Hocek, M.), s. 178-181. Collection Symposium Series, 10. ISBN 978-80-86241-29-6.
[Symposium on Chemistry of Nucleic Acid Components /14./. Český Krumlov (CZ), 08.06.2008-13.06.2008]
R&D Projects: GA MŠMT LC512; GA MŠMT(CZ) LC06035; GA ČR GA203/05/0043
Institutional research plan: CEZ:AV0Z40550506; CEZ:AV0Z50040507
Keywords : DNA modification * nucleosides triphosphates * electrochemical labeling of DNA
Subject RIV: CC - Organic Chemistry

We employed single step aqueous phase Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions of halogenated 2'-deoxynucleoside 5'-triphosphates with 3-aminophenyl and 3-nitrophenylboronic acid for synthesis of modified nucleoside triphosphates (dNTPs). These dNTPs were then enzymatically incorporated into DNA in Primer extension experiment (PEX). Electrochemical detection using square-wave voltammetry of single-strand modified oligonucleotides (ONs) bearing 3-aminophenyl and 3-nitrophenyl tag demonstated excellent utilization in labeling of DNA.

V této práci jsme využili jednokrokové Suzuki-Miyaura cross-coupling reakce halogenovaných 2'-deoxynukleosid 5'-trifosfátů s 3-aminofenyl a 3-nitrofenylboronovými kyselinami pro syntézu modifikovaných nukleosid trifosfátů (dNTPs). Ty byly následně enzymaticky inkorporovány do DNA v primer extension experimentu (PEX, extenze primeru). Elektrochemická detekce využívající měření cyklické voltametrie jednovlaknové modifikované DNA s navázanými 3-aminofenylovými a 3-nitrofenylovými skupinami se ukázala být velmi vhodnou a přínosnou v oblasti značení DNA.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0161923