GlueMRC - user software for optimalized merging of mosaic-layout stacks of images from confocal microscope

0308640 - FGÚ 2008 RIV CZ eng L - Prototype, f. module
Karen, Petr
GlueMRC - user software for optimalized merging of mosaic-layout stacks of images from confocal microscope.
[GlueMRC - program pro optimalizované skládání mozaikově snímaných serií obrazů z konfokálního mikroskopu.]
Internal code: GlueMRC ; 2008
Technical parameters: Borland C++ / MS Windows - standalone program
Economic parameters: Open source
R&D Projects: GA ČR(CZ) GA304/05/0153; GA MŠMT(CZ) LC06063
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50110509
Keywords : image processing * confocal microscopy
Subject RIV: JC - Computer Hardware ; Software

GlueMRC is a program for composing two overlapping series of optical sections captured by a Bio-Rad confocal microscope. Input is represented by two microscope native-format files and output by one file containing series of confocal images composed from the two input overlapping series. The image alignment is refined by automatic algorithms based either on minimalization of the sum of absolute valued differences between the overlapping parts of the images, or on maximalization of normalized correlation coefficient or mutual information function between the image overlaps

GlueMRC je program pro skládání dvou překrývajících se serií optických řezů získaných konfokálním mikrosopem Bio-Rad. Jako vstup slouží dva soubory v nativním formátu konfokálního mikroskopu a výsledkem je jeden soubor z nich složený. Optimalizace překrytí využívá automatické algoritmy založené na minimalizaci absolutních hodnot rozdílu mezi překrývajícími se částmi obrazů nebo maximalizaci normalizovaného korelačního koeficientu nebo vzájemné informační funkce mezi překryvajícími se částmi serií
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0161055