Cot-based cloning and sequencing of the short arm of wheat chromosome 1B

0305106 - ÚEB 2008 RIV CZ eng J - Journal Article
Šimková, Hana - Janda, Jaroslav - Hřibová, Eva - Šafář, Jan - Doležel, Jaroslav
Cot-based cloning and sequencing of the short arm of wheat chromosome 1B.
[Klonování a sekvenování Cot frakce DNA krátkého ramene chromozómu pšenice 1B.]
Plant, Soil and Environment. Roč. 53, č. 10 (2007), s. 437-441. ISSN 1214-1178. E-ISSN 1805-9368
R&D Projects: GA ČR GP521/05/P257
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50380511
Source of funding: V - Other public resources
Keywords : Cot * BAC library * wheat
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
http://journals.uzpi.cz:8050/uniqueFiles/00379.pdf

Sequencing of cereal genomes is not a feasible task due to their large size and high content of repetitive DNA sequences. There are two basic approaches to simplify analysis of such genomes: reduced representation approaches, such as EST sequencing, methyl filtration and Cot-based cloning and sequencing; on the other side there is analysis of genomes in a step-wise manner, e.g. through creation of chromosome-specific genomic resources. Combination of both approaches – i.e. Cot-based cloning and sequencing of DNA obtained from a chromosome-arm-specific BAC library – was tested in this work.

Sekvenování genomů obilovin je komplikováno jejich velikostí a vysokým obsahem repetitivních sekvencí DNA. Pro zjednodušení analýzy takových genomů jsou možné dva základní přístupy: přístup založený na snížení komplexity jako je sekvenování EST, methyl filtrace a tzv. Cot klonování a sekvenování a přístup spočívající v postupné analýze menších částí genomu, například pomocí chromozómově specifických knihoven DNA. Možnost kombinovat oba přístupy, tj. Cot klonování a sekvenování DNA, která byla získána z chromozómově specifické BAC knihovny, byla ověřována v této práci.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0158501