0105339 - ÚMG 2010 RIV NL eng J - Journal Article
Pačes, Jan - Zíka, Radek - Pačes, Václav - Pavlíček, A. - Clay, O. - Bernardi, G.
Representing GC variation along eukaryotic chromosomes.
[Zobrazení variace GC v eukaryotických chromozomech.]
Gene. Roč. 333, - (2004), s. 135-141. ISSN 0378-1119. E-ISSN 1879-0038
R&D Projects: GA MŠMT LN00A079
Institutional research plan: CEZ:AV0Z5052915
Keywords : GC content * genome organization * compositional homogenity
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 2.705, year: 2004

Genome sequencing now permits direct visual representation, at any scale, of GC heterogeneity along the chromosomes of several higher eukaryotes. Plots can be easily obtained from the chromosomal sequences, yet sequence releases of mammalian or plant chromosomes still tend to use small scales or window sizes that obscure important large-scale compositional features. To faithfully reveal, at one glance, the compositional variation at a given scale, we have devised a simple scheme that combines line plots with color-coded shading of the regions underneath the plots. The scheme can be applied to different eukaryotic genomes to facilitate their comparison, as illustrated here for a sample of chromosomes chosen from seven selected species. As a complement to a previously published compact view of isochores in the human genome sequence [FEBS Lett. 511 (2002a) 165], we include here an analogous map for the recently sequenced mouse genome, and discuss the contribution of repetitive DNA to the GC variation along the plots. Supplementary information, including a database of color-coded GC profiles for all recently sequenced eukaryotes and the program draw_chromosomes_gc.pl used to obtain them, are available at http://genomat.img.cas.cz

Sekvenování genomů nyní umožňuje vizuálně zobrazovat v jakémkoli měřítku heterogenitu GC v chromozomech řady vyšších eukaryot. Grafy lze snadno získat z chromozomálních sekvencí, ale v dostupných sekvencích savčích či rostlinných chromozomů je stále tendence používat malá měřítka nebo velikosti rámce, které znemožňují vidět důležité kompoziční prvky v širším měřítku. K přesnému zviditelnění kompozičních variací v daném měřítku na první pohled jsme navrhli jednoduché schéma, které kombinuje lineární grafy s barevně kódovaným vybarvením ploch v grafu. Toto schéma lze aplikovat na různé eukaryotické genomy k usnadnění jejich srovnávání, jak je zde ilustrováno na vzorku chromozomů vybraných ze sedmi vybraných druhů. Jako doplněk k dříve publikovanému ucelenému přehledu izochor v sekvenci lidského genomu [FEBS Lett. 511 (2002a) 165] zde dodáváme analogickou mapu nedávno sekvenovaného myšího genomu a rozebíráme podíl repetitivních DNA na variaci GC v grafech. Další informace včetně databáze barevně kódovaných profilů GC pro všechny nedávno sekvenované eukaryoty a program draw_chromosomes_gc.pl využitý pro jejich získání jsou dostupné na http://genomat.img.cas.cz
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0012582