0105328 - UMG-J 20043118 RIV NL eng J - Journal Article
Trachtulec, Zdeněk - Vlček, Čestmír - Mihola, Ondřej - Forejt, Jiří
Comparative Analysis of the PDCD2-TBP-PSMB1 Region in Vertebrates.
[Srovnávací analýza oblasti PDCD2-TBP-PSMB1 u obratlovců.]
Gene. Roč. 335, - (2004), s. 151-157. ISSN 0378-1119. E-ISSN 1879-0038
R&D Projects: GA MŠMT LN00A079; GA ČR GV204/98/K015; GA AV ČR IAA5052709
Grant - others:HHMI(US) 555000306
Institutional research plan: CEZ:AV0Z5052915
Keywords : Conserved synteny
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 2.705, year: 2004

Three orthologous genes encoding programmed cell death 2 (PDCD2), TATA-binding protein (TBP), and proteasomal subunit C5 (PSMB1) proteins have been shown previously to be nonrandomly distributed in both mammalian and invertebrate genomes. Here we analyze a conserved synteny of the PDCD2, TBP, and PSMB1 orthologs in four nonmammalian vertebrates. Homologous genes of the chicken, zebrafish, fugu, and Tetraodon nigroviridis were identified. A chicken cosmid harboring the orthologs of these three genes was completely sequenced. The fish genes were analyzed in silico. In all vertebrates thus far investigated, the PDCD2 and TBP genes were located tail-to-tail. In all species but the zebrafish, the PSMB1 gene mapped head-to-head or in the close vicinity to the TBP. A comparative analysis revealed the distribution of putative matrix-attached regions (MARs), which may affect the synteny conservation

Již dříve bylo pozorováno, že tři ortologní geny kódující protein pro programovou buněčnou smrt 2 (PDCD2), TATA-vazebný protein (TBP) a protein pro proteazomovou podjednotku C5 (PSMB1) jsou nenáhodně rozloženy v savčím genomu i v genomech bezobratlých. Zde jsme analyzovali konzervovanou syntenii ortolog PDCD2, TBP a PSMB1 u čyř nesavčích obratlovců. Byly identifikovány homologní geny kuřat, zebřiček, fugu a Tetraodon nigrovidis. Byla získána úplná sekvence kuřecího kosmidu obsahujícího ortology těchto tří genů. Rybí geny byly analyzovány in silico. U všech doposud studovaných obratlovců byly geny PDCD2 a TBP umístěny v pozici konci k sobě. U všech druhů kromě zebřiček byl gen PBMB1 mapován začátkem k začátku TBP nebo v těsném sousedství TBP. Srovnávací analýza odhalila rozmístění předpokládaných oblastí spojených s matrix (MAR), které by mohly ovlivňovat uchování syntenie
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0012571