Volume visualization of large biological tissue specimens

0080620 - FGÚ 2007 RIV CZ eng C - Conference Paper (international conference)
Čapek, Martin - Kubínová, Lucie - Janáček, Jiří - Hána, K. - Smrčka, P.
Volume visualization of large biological tissue specimens.
[Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků.]
Analysis of Biomedical Signals and Images. Brno: VUTIUM Press, 2006 - (Jan, J.; Kozumplík, J.; Provazník, I.), s. 230-232. ISBN 80-214-3152-0.
[BIOSIGNAL 2006 /18./. Brno (CZ), 28.06.2006-30.06.2006]
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LC06063; GA AV ČR(CZ) IAA100110502; GA AV ČR(CZ) IAA500200510; GA ČR(CZ) GA304/05/0153
Institutional research plan: CEZ:AV0Z50110509
Keywords : confocal microscopy * volume reconstruction
Subject RIV: JC - Computer Hardware ; Software

We apply volume reconstruction for visualization of a biological specimen greater than the field of view of a confocal laser scanning microscope. Prior to the volume reconstruction, large specimens are cut into thin physical slices. The first step of volume reconstruction is acquisition of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice using a registration algorithm based on a mutual information and translation. The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices using an elastic registration algorithm based on B-splines. The resulting large digital volumes are visualized by a VolumePro hardware board that provides volume rendering in real-time. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney.

Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, horizontální skládání překrývajících se obrazových dat s použitím registrace do 3D sub-obrazu reprezentující jeden fyzický řez, vertikální skládání sub-obrazů fyzických řezů s použitím elastické registrace do výsledné 3D reprezentace biologického preparátu a vizualizace 3D obrazu s využitím VolumePro hardware
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0144742