Analysis of major histocompatibility complex class II gene in water voles using capillary electrophoresis-single stranded conformation polymorphism

0000406 - ÚBO 2005 RIV GB eng J - Journal Article
Bryja, Josef - Galan, M. - Charbonnel, N. - Cosson, J.-F.
Analysis of major histocompatibility complex class II gene in water voles using capillary electrophoresis-single stranded conformation polymorphism.
[Analýza genu hlavního histokompatibilního komplexu třídy II u hryzce vodního použitím analýzy SSCP v kapiláře.]
Molecular Ecology Notes. Roč. 5, č. 1 (2005), s. 173-176. ISSN 1471-8278
Institutional research plan: CEZ:AV0Z6093917
Keywords : water vole * population genetics
Subject RIV: EB - Genetics ; Molecular Biology
Impact factor: 1.219, year: 2005

Analysis of a single strand conformation polymorphism (SSCP) using capillary electrophoresis (CE) is a novel method to study polymorphism of DNA sequences in large scale population studies. We optimized CE-SSCP analysis to study the major histocompatibility complex (MHC) class II alpha gene (DQA) polymorphism. Short-chain linear polyacrylamide (6%) as sieving matrix, TrisCl (pH 8.5) as buffer for sample dilution, and 27 degrees C, 9 kV as electrophoresis parameters were suitable for sufficient resolution of all alleles. We found that almost 25% of clones contained a PCR (polymerase chain reaction) artefact and strict criteria have to be applied when using cloning and sequencing to analyse the allelic diversity of MHC genes.

Kapilární elektroforéza SSCP je nová metoda studující polymorfismus DNA sekvencí zejména v populačně-genetických studiích. V práci je popisována optimalizace této metody při studiu polymorfismu genu DQA, který náleží mezi MHC geny skupiny II. Ideální podmínky kapilární elektroforézy, které umožnily odlišení téměř všech alel byly následující: SLPA jako dělící polymer, TrisCl (pH 8,5) jako pufr pro ředění vzorku a 27°C a 9 kV jako parametry elektroforézy. Zároveň jsme zjistili, že téměř 25% všech analyzovaných klonů obsahovalo PCR artefakt, proto by při analýzách MHC variability měla být uplatňována striktní kriteria pro identifikaci nových alel.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0017667