Basket

0579452 - ÚMG 2024 RIV CZ eng L4 - Software
Michálik, Juraj - Štěpánek, Ondřej
IDEIS – identification of isoforms.
Internal code: IDEIS01 ; 2023
Technical parameters: IDEIS je soubor skriptů napsán v jazyce Python a R. Je určen pro single-cell RNA data genové exprese získaných sekvenací knihoven generovaných za pomoci 10X Chromium Single Cell 5’ Kitů. Ze seznamu exonů a pravidel na konstrukci umelých “transkriptů” skripty vyhotoví co nejvhodnejší “transkriptom” pro určení isoforem CD45/PTPRC, na který jsou pak mapovány ready za využití externího programu Salmon Alevin. Data jsou pak zpracovány v R pro co nejsnadnější manipulaci pri dalších analýzách. Tento software umožňuje analýzu isoforem bez nutnosti další úpravy experimentu. Licence bude poskytnuta formou CC-BY-4.0. E-mail: juraj.michalik@img.cas.cz
Economic parameters: Úspora nákladů na sekvenačním kitu a protilátkach v hodnotě 20 000 Kč na experiment. Úspora času při přípravě označování buněk protilátkami během přípravy single-cell experimentů nevyžadujících jiné protilátky a jejich následné analýzy v hodnotě cca. 20 človekohodin na experiment.
R&D Projects: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Institutional support: RVO:68378050
Keywords : Ptprc * CD45 * isoforms * scRNAseq * 10X * 5’ Libraries
OECD category: Biochemistry and molecular biology
https://github.com/Lab-of-Adaptive-Immunity/IDEIS
Permanent Link: https://hdl.handle.net/11104/0348256