Výsledky vyhledávání
- 1.0569826 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Krepl, Miroslav - Pokorná, Pavlína - Mlýnský, Vojtech - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří
Spontaneous binding of single-stranded RNAs to RRM proteins visualized by unbiased atomistic simulations with a rescaled RNA force field.
Nucleic Acids Research. Roč. 50, č. 21 (2022), s. 12480-12496. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠk EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * REPLICA EXCHANGE * RECOGNITION MOTIFS
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 19.160, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://academic.oup.com/nar/article/50/21/12480/6858795?login=true
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0341159
- 2.0569227 - BFÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pokorná, Pavlína - Krepl, Miroslav - Campagne, S. - Šponer, Jiří
Conformational Heterogeneity of RNA Stem-Loop Hairpins Bound to FUS-RNA Recognition Motif with Disordered RGG Tail Revealed by Unbiased Molecular Dynamics Simulations.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 126, č. 45 (2022), s. 9207-9221. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠk EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: FORCE-FIELD * NUCLEIC-ACIDS * AMBER * BACKBONE * BINDING
Obor OECD: Clinical neurology
Impakt faktor: 3.466, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.2c06168
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340609
- 3.0563712 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Moreira, D. - Leitao, D. - Lopes-Nunes, J. - Santos, T. C. B. - Figueiredo, J. - Miranda, A.I. - Alexandre, D. - Tomaz, C. - Mergny, Jean-Louis - Cruz, C.
G-Quadruplex Aptamer-Ligand Characterization.
Molecules. Roč. 27, č. 20 (2022), č. článku 6781. E-ISSN 1420-3049
Grant CEP: GA MŠk EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex aptamer * ligands * aptamer-ligand interactions * biophysical techniques
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.927, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1420-3049/27/20/6781
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340583
- 4.0563710 - BFÚ 2023 RIV CN eng J - Článek v odborném periodiku
Chen, J. - Cheng, M. - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří - Mergny, Jean-Louis - Ju, H. - Zhou, J.
Exploring Sequence Space to Design Controllable G-Quadruplex Topology Switches.
CCS CHEMISTRY. Roč. 4, č. 9 (2022), s. 3036-3050. E-ISSN 2096-5745
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠk EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * G-quadruplex topology * G-switch * sequence composition * structural versatility
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Způsob publikování: Open access
https://www.chinesechemsoc.org/doi/10.31635/ccschem.021.202101357
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339366
- 5.0563244 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Figueiredo, J. - Carreira-Barral, I. - Quesada, R. - Mergny, Jean-Louis - Cruz, A.
Synthesis and evaluation of 2,9-disubstituted-1,10-phenanthroline derivatives as G-quadruplex binders.
Bioorganic & Medicinal Chemistry. Roč. 73, NOV 1 2022 (2022), č. článku 116971. ISSN 0968-0896. E-ISSN 1464-3391
Grant CEP: GA MŠk EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex structures * derivatives * Biophysical evaluation * In vitro studies * 2 * 9-disubstituted-1 * 10-phenanthroline
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.461, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0968089622003649?token=A4EAFEEB1A2D211C650C572D440F273643EE887CF8238E8B72F14E24D6A6E20A00CA5CE417490443521225405C2455A0&originRegion=eu-west-1&originCreation=20221108091428
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340610
- 6.0561829 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Jenner, Leon - Peška, Vratislav - Fulnečková, Jana - Sýkorová, Eva
Telomeres and Their Neighbors.
Genes. Roč. 13, č. 9 (2022), č. článku 1663. E-ISSN 2073-4425
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-01331X; GA ČR(CZ) GA19-12607S; GA MŠk EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: satellite * telomere evolution * interstitial telomere sequences * retroelements * subtelomere structure * telomerase RNA * trap
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 4.141, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2073-4425/13/9/1663
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340718
- 7.0560261 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Bohalova, Natalia - Peška, Vratislav - Wang, J. - Luo, Y. - Bartas, M. - Volna, A. - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
The Newly Sequenced Genome of Pisum sativum Is Replete with Potential G-Quadruplex-Forming Sequences-Implications for Evolution and Biological Regulation.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 23, č. 15 (2022), č. článku 8482. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA MŠk EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * G4 propensity * chloroplast DNA * sequence prediction
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.208, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/15/8482
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340527
- 8.0558375 - BFÚ 2023 RIV FR eng J - Článek v odborném periodiku
Santos, T. C. B. - Lopes-Nunes, J. - Alexandre, D. - Miranda, A.I. - Figueiredo, J. - Silva, M. S. - Mergny, Jean-Louis - Cruz, C.
Stabilization of a DNA aptamer by ligand binding.
Biochimie. Roč. 200, SEP 2022 (2022), s. 8-18. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA MŠk EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: oligonucleotide as1411 * nucleolin * complex * rna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.372, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908422001146?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339541
- 9.0558372 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Simmons, C. - MacCulloch, T. - Krepl, Miroslav - Matthies, M. - Buchberger, A. - Crawford, I. - Šponer, Jiří - Sulc, P. - Stephanopoulos, N. - Yan, H.
The influence of Holliday junction sequence and dynamics on DNA crystal self-assembly.
Nature Communications. Roč. 13, č. 1 (2022), č. článku 3112. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA MŠk EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: nucleic-acid junctions * force-field * immobile * model * crystallization * refinement * software
Obor OECD: Inorganic and nuclear chemistry
Impakt faktor: 17.694, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30779-6
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339549
- 10.0557417 - BFÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Janecek, M. - Kührová, Petra - Frohlking, T. - Otyepka, M. - Bussi, G. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Toward Convergence in Folding Simulations of RNA Tetraloops : Comparison of Enhanced Sampling Techniques and Effects of Force Field Modifications br.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 18, č. 4 (2022), s. 2642-2656. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠk EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA20-16554S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: free-energy landscape * molecular-dynamics * replica-exchange * tertiary interactions * parameters * hairpins
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 6.578, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c01222
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339585