Výsledky vyhledávání

  1. 1.
    0502806 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
    Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
    Portál pro výběr bioaktivních sloučenin Probes & Drugs.
    [Probes &Drugs portal: an interactive, open data resource for chemical biology.]
    Interní kód: Software-4 ; 2017
    Technické parametry: Databáze obsahuje struktury a veřejná data vice než 30 000 sloučenin, případně informace s jakými dalšími látkami je možné danou sloučeninu nahradit. Samotný portál využívá data o těchto sloučeninách a různě je kombinuje podle požadavků uživatelů.Open data portal pro výběr bioaktviních sloučenin. (https://www.probes-drugs.org
    Ekonomické parametry: Open data portal pro výběr bioaktviních sloučenin. Tento webový portál výrazně usnadní práci s informacemi nejen vědcům, kteří se primárně zabývají chemickými sloučeninami a jejich účinkem na živé organismy.
    Grant CEP: GA MŠk LO1220
    Institucionální podpora: RVO:68378050
    Klíčová slova: bioactive compounds * probes * drugs
    Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
    https://www.probes-drugs.org
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294692
     
     
  2. 2.
    0502803 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
    Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
    MolSetinspector.
    [MolSetinspector.]
    Interní kód: Software-3 ; 2015
    Technické parametry: MolSetInspector (Molecular Sets Inspector) je Python knihovna umožňující zpracování jedné či více množin chemických látek. Na vstupu přijímá adresář obsahující jeden či více souborů (sdf, csv, smi nebo txt), které mohou obsahovat molekuly v různých chemických formátech (smiles, inchi nebo molfile). MolSetInspector automaticky zjistí konkrétní formát, načte všechny molekuly a zpracuje. Během zpracování je možné používat základní možnosti standardizace molekul či odstranění stereochemie. Jako výstup knihovna umožňuje výpis množiny unikátních molekul ze všech načtených společně s informací o jejich přítomnosti v dané množině. Dále je možné vypsat tabulku s průniky jednotlivých množin, duplicitní molekuly, molekuly, které se nepovedlo načíst, nebo použít jednu ze dvou možností selekce diverzní množiny molekul (na základě maximální podobnosti nebo maximálního počtu molekul). http://openscreen.cz/software/molsetinspector
    Ekonomické parametry: Tato Python knihovna umožňuje zpracování jedné či více množin chemických látek.
    Grant CEP: GA MŠk LO1220
    Institucionální podpora: RVO:68378050
    Klíčová slova: Phyton * Molecular set * Hit table
    Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
    http://openscreen.cz/software/molsetinspector
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294689
     
     
  3. 3.
    0502797 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
    Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel
    Knime4HTS.
    [Knime4HTS.]
    Interní kód: Software-2 ; 2015
    Technické parametry: Knime4HTS je kombinace nových uzlů (nodes) a připravených postupů (workflows), která je vytvořena za účelem zpracování HTS dat prostřednictvím analytické platformy Knime. S použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. KNIME4HTS poskytuje funkcionalitu pro normalizaci dat, selekci hitů, zobrazení teplotních map HTS destiček a vytváření reportů. Připravené postupy jsou také schopny vizualizace rozsáhlé chemické knihovny ve formě 2D chemického prostoru na základě fyzikálně-chemických nebo strukturních vlastností látek. https://openscreen.cz/software/knime4hts/home/
    Ekonomické parametry: Použitím těchto nástrojů je možné zpracovávat surová data ve sloupcové i maticové formě. Tyto funkcionality výrazně zjednodušší uživatelům analýzu HTS dat.
    Grant CEP: GA MŠk LO1220
    Institucionální podpora: RVO:68378050
    Klíčová slova: Knime * HTS data * hit selection
    Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
    https://www.knime.com/
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294681
     
     
  4. 4.
    0502792 - ÚMG 2019 RIV CZ cze L4 - Software
    Oltová, Jana - Jindřich, Jindřich - Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
    Zebrabase.
    [Zebrabase.]
    Interní kód: Software-1 ; 2017
    Technické parametry: https://zebrabase.org/about
    Ekonomické parametry: Tato aplikace usnadňuje management rybích chovů.
    Grant CEP: GA MŠk LO1419
    Institucionální podpora: RVO:68378050
    Klíčová slova: fish facility * tracking system * management
    Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
    https://zebrabase.org/
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0294683
     
     
  5. 5.
    0488898 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
    Škuta, Ctibor - Svozil, Daniel - Bartůněk, Petr
    Chemspace.
    Interní kód: S-2017-3 ; 2017
    Technické parametry: licence: https://opensource.org/licenses/MIT
    Ekonomické parametry: Open source - zvýšení kvality obyvatelstva
    Grant CEP: GA MŠk LM2015063
    Institucionální podpora: RVO:68378050
    Klíčová slova: 2D chemical space * open source library * HTML5 canvas visualization
    Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
    https://openscreen.cz/software/chemspace
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0283416
     
     
  6. 6.
    0488897 - ÚMG 2018 RIV CZ eng L4 - Software
    Škuta, Ctibor - Bartůněk, Petr
    Probes & Drugs portal.
    Interní kód: S-2017-2 ; 2017
    Technické parametry: licence: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
    Ekonomické parametry: Open source software - zvýšení kvality života obyvatelstva
    Grant CEP: GA MŠk LM2015063
    Institucionální podpora: RVO:68378050
    Klíčová slova: bioactive compound * chemical probe * chemical biology * portal
    Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
    https://www.probes-drugs.org
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0283415