Výsledky vyhledávání
- 1.0583095 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Štěpánová, Sille - Andris, Erik - Gutten, Ondrej - Buděšínský, Miloš - Dejmek, Milan - Břehová, Petra - Rulíšek, Lubomír - Kašička, Václav
Acidity constants and protonation sites of cyclic dinucleotides determined by capillary electrophoresis, quantum chemical calculations, and NMR spectroscopy.
Electrophoresis. (2024). ISSN 0173-0835. E-ISSN 1522-2683
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: acidity constant * capillary electrophoresis * cyclic dinucleotides * DFT calculations * NMR spectroscopy
Impakt faktor: 2.9, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/elps.202300232
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351092 - 2.0552067 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Bím, Daniel - Navrátil, Michal - Gutten, Ondrej - Konvalinka, Jan - Kutil, Zsofia - Culka, Martin - Navrátil, Václav - Alexandrova, A. N. - Bařinka, Cyril - Rulíšek, Lubomír
Predicting Effects of Site-Directed Mutagenesis on Enzyme Kinetics by QM/MM and QM Calculations: A Case of Glutamate Carboxypeptidase II.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 126, č. 1 (2022), s. 132-143. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LTAUSA19148; GA ČR(CZ) GA18-14167S; GA ČR(CZ) GJ19-22269Y
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:86652036
Klíčová slova: monoamine-oxidase B * reaction mechanism * membrane antigen
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c09240
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0327224 - 3.0549413 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Novotná, Barbora - Holá, Lucie - Staś, Monika - Gutten, Ondrej - Smola, Miroslav - Zavřel, Martin - Vavřina, Zdeněk - Buděšínský, Miloš - Liboska, Radek - Chevrier, Florian - Dobiaš, Juraj - Bouřa, Evžen - Rulíšek, Lubomír - Birkuš, Gabriel
Enzymatic Synthesis of 3′-5′, 3′-5′ Cyclic Dinucleotides, Their Binding Properties to the Stimulator of Interferon Genes Adaptor Protein, and Structure/Activity Correlations.
Biochemistry. Roč. 60, č. 48 (2021), s. 3714-3727. ISSN 0006-2960
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA20-08772S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: cytosolic DNA sensor * c-di-GMP * structural analysis
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.321, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.biochem.1c00692
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0325428 - 4.0543611 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pimková Polidarová, Markéta - Břehová, Petra - Kaiser, Martin Maxmilian - Smola, Miroslav - Dračínský, Martin - Smith, Joshua - Marek, Aleš - Dejmek, Milan - Šála, Michal - Gutten, Ondrej - Rulíšek, Lubomír - Novotná, Barbora - Brázdová, Andrea - Janeba, Zlatko - Nencka, Radim - Bouřa, Evžen - Páv, Ondřej - Birkuš, Gabriel
Synthesis and Biological Evaluation of Phosphoester and Phosphorothioate Prodrugs of STING Agonist 3′,3′-c-Di(2′F,2′dAMP).
Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 64, č. 11 (2021), s. 7596-7616. ISSN 0022-2623. E-ISSN 1520-4804
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA20-08772S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA sensor * interferon genes * cyclic GMP-AMP
Obor OECD: Medicinal chemistry
Impakt faktor: 8.039, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.1c00301
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0320799 - 5.0542023 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Culka, Martin - Kalvoda, Tadeáš - Gutten, Ondrej - Rulíšek, Lubomír
Mapping Conformational Space of All 8000 Tripeptides by Quantum Chemical Methods: What Strain Is Affordable within Folded Protein Chains?
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 125, č. 1 (2021), s. 58-69. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-08772S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein structure * quantum chemistry * energy
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.466, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c09251
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319519
Vědecká data: OSF - 6.0541696 - ÚOCHB 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Gutten, Ondrej - Jurečka, P. - Tehrani, Zahra Aliakbar - Buděšínský, Miloš - Řezáč, Jan - Rulíšek, Lubomír
Conformational energies and equilibria of cyclic dinucleotides in vacuo and in solution: computational chemistry vs. NMR experiments.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 23, č. 12 (2021), s. 7280-7294. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-08772S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: benchmarking * computational chemistry * dihedral angle
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.945, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D0CP05993E
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319224 - 7.0541558 - ÚOCHB 2022 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Smola, Miroslav - Gutten, Ondrej - Dejmek, Milan - Kožíšek, Milan - Evangelidis, Thomas - Tehrani, Zahra Aliakbar - Novotná, Barbora - Nencka, Radim - Birkuš, Gabriel - Rulíšek, Lubomír - Bouřa, Evžen
Ligand Strain and Its Conformational Complexity Is a Major Factor in the Binding of Cyclic Dinucleotides to STING Protein.
Angewandte Chemie - International Edition. Roč. 60, č. 18 (2021), s. 10172-10178. ISSN 1433-7851. E-ISSN 1521-3773
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-08772S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: conformational analysis * cyclic dinucleotides * entropy * quantum chemistry * strain energy
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 16.823, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/anie.202016805
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319101 - 8.0541319 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vavřina, Zdeněk - Gutten, Ondrej - Smola, Miroslav - Zavřel, Martin - Tehrani, Zahra Aliakbar - Charvát, Vilém - Kožíšek, Milan - Bouřa, Evžen - Birkuš, Gabriel - Rulíšek, Lubomír
Protein-Ligand Interactions in the STING Binding Site Probed by Rationally Designed Single-Point Mutations: Experiment and Theory.
Biochemistry. Roč. 60, č. 8 (2021), s. 607-620. ISSN 0006-2960
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-08772S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ligand-binding * STING protein * structural biology * QM/MM calculations
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.321, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.biochem.0c00949
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318895 - 9.0519161 - ÚOCHB 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Novotná, Barbora - Vaneková, Lenka - Zavřel, Martin - Buděšínský, Miloš - Dejmek, Milan - Smola, Miroslav - Gutten, Ondrej - Tehrani, Zahra Aliakbar - Pimková Polidarová, Markéta - Brázdová, Andrea - Liboska, Radek - Štěpánek, Ivan - Vavřina, Zdeněk - Jandušík, Tomáš - Nencka, Radim - Rulíšek, Lubomír - Bouřa, Evžen - Brynda, Jiří - Páv, Ondřej - Birkuš, Gabriel
Enzymatic Preparation of 2′–5′,3′–5′-Cyclic Dinucleotides, Their Binding Properties to Stimulator of Interferon Genes Adaptor Protein, and Structure/Activity Correlations.
Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 62, č. 23 (2019), s. 10676-10690. ISSN 0022-2623. E-ISSN 1520-4804
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA20-08772S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: cyclic GMP-AMP * cytosolic DNA sensor * di-GMP
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 6.205, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jmedchem.9b01062
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0304187 - 10.0489837 - ÚOCHB 2019 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Řezáč, Jan - Bím, Daniel - Gutten, Ondrej - Rulíšek, Lubomír
Toward Accurate Conformational Energies of Smaller Peptides and Medium-Sized Macrocycles: MPCONF196 Benchmark Energy Data Set.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 14, č. 3 (2018), s. 1254-1266. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA17-24155S; GA ČR(CZ) GJ16-11321Y
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: density functional theory * main group thermochemistry * generalized gradient approximation
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.313, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0284170