Počet záznamů: 1
LinX 2.0
- 1.
SYSNO ASEP 0542407 Druh ASEP L4 - Software Zařazení RIV R - Software Název LinX 2.0 Tvůrce(i) Kukačka, Zdeněk (MBU-M) RID, ORCID
Rosůlek, Michal (MBU-M) ORCID
Jelínek, Jan (MBU-M)
Slavata, Lukáš (MBU-M)
Kavan, Daniel (MBU-M) RID, ORCID
Novák, Petr (MBU-M) RID, ORCIDRok vydání 2021 Int.kód 2.0 N14/N15 Technické parametry softwarový nástroj v jazyce java Ekonomické parametry Vylepšený nástroj pro vyhodnocení CXMS dat izotopově značených proteinů N14/N15 Název vlastníka Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i IČ vlastníka 61388971 Požad. na licenč. popl. N - Poskytovatel licence nepožaduje licenční poplatek Jazyk dok. eng - angličtina Země vlastníka CZ - Česká republika Klíč. slova chemical cross-linking ; mass spectrometry ; proteins ; structural proteomics Vědní obor RIV CE - Biochemie Obor OECD Biochemistry and molecular biology Institucionální podpora MBU-M - RVO:61388971 Anotace Chemical cross-linking mass spectrometry has become a popular tool in structural biology. Although several algorithms exist that analyze data-dependent mass spectrometric data efficiently, the algorithm to identify intermolecular cross-links located at the interaction interface of homodimer molecules was missing. The algorithm in LinX utilizes high mass accuracy for ion identification. In contrast to standard data-dependent analysis, LinX enables the elucidation of cross-linked peptides originating from the interaction interface of homodimers labeled by 14N/15N, including their ratio or cross-links from protein–nucleic acid complexes. The software is written in Java language, its source code and a detailed user’s guide are freely available at https://github.com/KukackaZ/LinX. Data are accessible via the ProteomeXchange server with the dataset identifier PXD023522. Pracoviště Mikrobiologický ústav Kontakt Eliška Spurná, eliska.spurna@biomed.cas.cz, Tel.: 241 062 231 Rok sběru 2022 Elektronická adresa http://peterslab.org/downloads.php
Počet záznamů: 1