Počet záznamů: 1

LinX 2.0

SYSNO ASEP	0542407
Druh ASEP	L4 - Software
Zařazení RIV	R - Software
Název	LinX 2.0
Tvůrce(i)	Kukačka, Zdeněk (MBU-M)_{RID, ORCID} Rosůlek, Michal (MBU-M)_ORCID Jelínek, Jan (MBU-M) Slavata, Lukáš (MBU-M) Kavan, Daniel (MBU-M)_{RID, ORCID} Novák, Petr (MBU-M)_{RID, ORCID}
Rok vydání	2021
Int.kód	2.0 N14/N15
Technické parametry	softwarový nástroj v jazyce java
Ekonomické parametry	Vylepšený nástroj pro vyhodnocení CXMS dat izotopově značených proteinů N14/N15
Název vlastníka	Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i
IČ vlastníka	61388971
Požad. na licenč. popl.	N - Poskytovatel licence nepožaduje licenční poplatek
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vlastníka	CZ - Česká republika
Klíč. slova	chemical cross-linking ; mass spectrometry ; proteins ; structural proteomics
Vědní obor RIV	CE - Biochemie
Obor OECD	Biochemistry and molecular biology
Institucionální podpora	MBU-M - RVO:61388971
Anotace	Chemical cross-linking mass spectrometry has become a popular tool in structural biology. Although several algorithms exist that analyze data-dependent mass spectrometric data efficiently, the algorithm to identify intermolecular cross-links located at the interaction interface of homodimer molecules was missing. The algorithm in LinX utilizes high mass accuracy for ion identification. In contrast to standard data-dependent analysis, LinX enables the elucidation of cross-linked peptides originating from the interaction interface of homodimers labeled by 14N/15N, including their ratio or cross-links from protein–nucleic acid complexes. The software is written in Java language, its source code and a detailed user’s guide are freely available at https://github.com/KukackaZ/LinX. Data are accessible via the ProteomeXchange server with the dataset identifier PXD023522.
Pracoviště	Mikrobiologický ústav
Kontakt	Eliška Spurná, eliska.spurna@biomed.cas.cz, Tel.: 241 062 231
Rok sběru	2022
Elektronická adresa	http://peterslab.org/downloads.php

Počet záznamů: 1