Počet záznamů: 1

Quadruplex-forming sequences occupy discrete regions inside plant LTR retrotransposons

SYSNO ASEP	0440128
Druh ASEP	J - Článek v odborném periodiku
Zařazení RIV	J - Článek v odborném periodiku
Poddruh J	Článek ve WOS
Název	Quadruplex-forming sequences occupy discrete regions inside plant LTR retrotransposons
Tvůrce(i)	Lexa, M. (CZ) Kejnovský, Eduard (BFU-R)_{RID, ORCID} Šteflová, Pavlína (BFU-R) Konvalinová, H. (CZ) Vorlíčková, Michaela (BFU-R)_{RID, ORCID} Vyskot, Boris (BFU-R)_{RID, ORCID}
Celkový počet autorů	6
Zdroj.dok.	Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press - ISSN 0305-1048 Roč. 42, č. 2 (2014), s. 968-978
Poč.str.	11 s.
Forma vydání	Tištěná - P
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vyd.	GB - Velká Británie
Klíč. slova	INTRAMOLECULAR DNA QUADRUPLEXES ; VIRUS TYPE-1 RNA ; CIRCULAR-DICHROISM
Vědní obor RIV	BO - Biofyzika
CEP	GAP205/12/0466 GA ČR - Grantová agentura ČR
	GAP305/10/0930 GA ČR - Grantová agentura ČR
	GAP501/10/0102 GA ČR - Grantová agentura ČR
	GA522/09/0083 GA ČR - Grantová agentura ČR
	GPP501/10/P483 GA ČR - Grantová agentura ČR
Institucionální podpora	BFU-R - RVO:68081707
UT WOS	000331138100030
DOI	10.1093/nar/gkt893
Anotace	Retrotransposons with long terminal repeats (LTR) form a significant proportion of eukaryotic genomes, especially in plants. They have gag and pol genes and several regulatory regions necessary for transcription and reverse transcription. We searched for potential quadruplex-forming sequences (PQSs) and potential triplex-forming sequences (PTSs) in 18 377 full-length LTR retrotransposons collected from 21 plant species. We found that PQSs were often located in LTRs, both upstream and downstream of promoters from which the whole retrotransposon is transcribed. Upstream-located guanine PQSs were dominant in the minus DNA strand, whereas downstream-located guanine PQSs prevailed in the plus strand, indicating their role both at transcriptional and post-transcriptional levels. Our circular dichroism spectroscopy measurements confirmed that these PQSs readily adopted guanine quadruplex structures-some of them were paralell-stranded, while others were anti-parallel-stranded.
Pracoviště	Biofyzikální ústav
Kontakt	Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244
Rok sběru	2015

Počet záznamů: 1