Počet záznamů: 1
Gyration- and Inertia-Tensor-Based Collective Coordinates for Metadynamics. Application on the Conformational Behavior of Polyalanine Peptides and Trp-Cage Folding
- 1.
SYSNO ASEP 0369244 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Gyration- and Inertia-Tensor-Based Collective Coordinates for Metadynamics. Application on the Conformational Behavior of Polyalanine Peptides and Trp-Cage Folding Tvůrce(i) Vymětal, Jiří (UOCHB-X) RID, ORCID
Vondrášek, Jiří (UOCHB-X) RID, ORCIDCelkový počet autorů 2 Zdroj.dok. Journal of Physical Chemistry A. - : American Chemical Society - ISSN 1089-5639
Roč. 115, č. 41 (2011), s. 11455-11465Poč.str. 11 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova metadynamics ; protein folding ; molecular simulations ; collective coordinates Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) UT WOS 000295700600037 DOI 10.1021/jp2065612 Anotace Effective simulations of proteins, their complexes, and other amino acid polymers such as peptides or peptoids are critically dependent on the performance of the simulation methods and their ability to map the conformational space of the molecule in question. In the presented study, we show that metadynamics and chosen collective coordinates-the principal moments of the tensors of gyration and inertia, the principal radii of gyration around the principal axes, asphericity, acylindricity, and anisotropy-can be used as a powerful combination to map the conformational space of peptides and proteins. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2012
Počet záznamů: 1