Počet záznamů: 1  

Next Generation Sequencing-Based Analysis of Repetitive DNA in the Model Dioceous Plant Silene latifolia

  1. 1.
    SYSNO ASEP0367358
    Druh ASEPJ - Článek v odborném periodiku
    Zařazení RIVJ - Článek v odborném periodiku
    Poddruh JČlánek ve WOS
    NázevNext Generation Sequencing-Based Analysis of Repetitive DNA in the Model Dioceous Plant Silene latifolia
    Tvůrce(i) Macas, Jiří (BC-A) RID, ORCID, SAI
    Kejnovský, Eduard (BFU-R) RID, ORCID
    Neumann, Pavel (BC-A) RID, ORCID
    Novák, Petr (BC-A) RID, ORCID
    Koblížková, Andrea (BC-A)
    Vyskot, Boris (BFU-R) RID, ORCID
    Celkový počet autorů6
    Zdroj.dok.PLoS ONE. - : Public Library of Science - ISSN 1932-6203
    Roč. 6, č. 11 (2011), e27335
    Poč.str.12 s.
    Jazyk dok.eng - angličtina
    Země vyd.US - Spojené státy americké
    Klíč. slovaPlant genome ; Sequencing-Based Analyses ; Repetitive DNA ; Silene latifolia
    Vědní obor RIVEB - Genetika a molekulární biologie
    CEPOC10037 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    LC06004 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    LH11058 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    GAP501/10/0102 GA ČR - Grantová agentura ČR
    GAP305/10/0930 GA ČR - Grantová agentura ČR
    CEZAV0Z50510513 - UMBR-M, BC-A (2005-2011)
    AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013)
    UT WOS000297350800044
    DOI10.1371/journal.pone.0027335
    AnotaceWe performed low-pass 454 sequencing followed by similarity-based clustering of 454 reads in order to identify and characterize sequences of all major groups of S. latifolia repeats. Illumina sequencing data from male and female genomes were also generated and employed to quantify the genomic proportions of individual repeat families. The majority of identified repeats belonged to LTR-retrotransposons, constituting about 50% of genomic DNA, with Ty3/gypsy elements being more frequent than Ty1/copia. While there were differences between the male and female genome in the abundance of several repeat families, their overall repeat composition was highly similar. Specific localization patterns on sex chromosomes were found for several satellite repeats using in situ hybridization with probes based on k-mer frequency analysis of Illumina sequencing data.
    PracovištěBiologické centrum (od r. 2006)
    KontaktDana Hypšová, eje@eje.cz, Tel.: 387 775 214
    Rok sběru2012
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.