Počet záznamů: 1  

Transferable scoring function based on semiempirical quantum mechanical PM6-DH2 method: CDK2 with 15 structurally diverse inhibitors

  1. 1.
    SYSNO ASEP0360708
    Druh ASEPJ - Článek v odborném periodiku
    Zařazení RIVJ - Článek v odborném periodiku
    Poddruh JČlánek ve WOS
    NázevTransferable scoring function based on semiempirical quantum mechanical PM6-DH2 method: CDK2 with 15 structurally diverse inhibitors
    Tvůrce(i) Dobeš, Petr (UOCHB-X)
    Fanfrlík, Jindřich (UOCHB-X) RID, ORCID
    Řezáč, Jan (UOCHB-X) RID, ORCID
    Otyepka, M. (CZ)
    Hobza, Pavel (UOCHB-X) RID, ORCID
    Celkový počet autorů5
    Zdroj.dok.Journal of Computer-Aided Molecular Design - ISSN 0920-654X
    Roč. 25, č. 3 (2011), s. 223-235
    Poč.str.12 s.
    Jazyk dok.eng - angličtina
    Země vyd.NL - Nizozemsko
    Klíč. slovaCDK2 ; semiempirical quantum mechanical method PM6-DH2 ; drug design
    Vědní obor RIVCF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
    CEPLC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    GAP208/11/0295 GA ČR - Grantová agentura ČR
    CEZAV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011)
    UT WOS000288179000005
    DOI10.1007/s10822-011-9413-5
    AnotaceAbstract A semiempirical quantum mechanical PM6-DH2 method accurately covering the dispersion interaction and H-bonding was used to score fifteen structurally diverse CDK2 inhibitors. The geometries of all the complexes were taken from the X-ray structures and were reoptimised by the PM6-DH2 method in continuum water. The total scoring function was constructed as an estimate of the binding free energy, i.e., as a sum of the interaction enthalpy, interaction entropy and the corrections for the inhibitor desolvation and deformation energies. The applied scoring function contains a clear thermodynamical terms and does not involve any adjustable empirical parameter. The best correlations with the experimental inhibition constants (ln Ki) were found for bare interaction enthalpy (r2 = 0.87) and interaction enthalpy corrected for ligand desolvation and deformation energies (r2 = 0.77); when the entropic term was considered, however, the correlation becomes worse but still acceptable.
    PracovištěÚstav organické chemie a biochemie
    Kontaktasep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434
    Rok sběru2012
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.