Počet záznamů: 1
Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins
- 1.
SYSNO ASEP 0353763 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Performance of molecular mechanics force fields for RNA simulations: Stability of UUCG and GNRA hairpins Tvůrce(i) Banáš, P. (CZ)
Hollas, D. (CZ)
Zgarbová, M. (CZ)
Jurečka, P. (CZ)
Orozco, M. (ES)
Cheatham III, T.E. (US)
Šponer, Jiří (BFU-R) RID, ORCID
Otyepka, M. (CZ)Celkový počet autorů 8 Zdroj.dok. Journal of Chemical Theory and Computation . - : American Chemical Society - ISSN 1549-9618
Roč. 6, č. 12 (2010), s. 3836-3849Poč.str. 14 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova molecular dynamics ; force fields ; RNA ; tetraloops Vědní obor RIV BO - Biofyzika CEP LC06030 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy GA203/09/1476 GA ČR - Grantová agentura ČR GD203/09/H046 GA ČR - Grantová agentura ČR IAA400040802 GA AV ČR - Akademie věd CEZ AV0Z50040507 - BFU-R (2005-2011) AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013) UT WOS 000285217000019 DOI 10.1021/ct100481h Anotace The RNA hairpin loops represent important RNA topologies with indispensable biological functions in RNA folding and tertiary interactions. Explicit solvent molecular dynamics (MD) simulation is a computational technique which can efficiently complement the experimental data and provide unique structural dynamics information on the atomic scale. Nevertheless, outcome of simulations is often compromised by imperfections in parameterization of simplified pair-wise additive empirical potentials referred also as force fields. We have pointed out in several recent studies that force field description of single stranded hairpin segments of nucleic acids may be particularly challenging for the force fields. In this paper, we report a critical assessment of a broad set of MD simulations of UUCG, GAGA, and GAAA tetraloops using various force fields. Pracoviště Biofyzikální ústav Kontakt Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244 Rok sběru 2011
Počet záznamů: 1