Počet záznamů: 1
A Reliable Docking/Scoring Scheme Based on the Semiempirical Quantum Mechanical PM6-DH2 Method Accurately Covering Dispersion and H-Bonding: HIV-1 Protease with 22 Ligands
- 1.
SYSNO ASEP 0351836 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název A Reliable Docking/Scoring Scheme Based on the Semiempirical Quantum Mechanical PM6-DH2 Method Accurately Covering Dispersion and H-Bonding: HIV-1 Protease with 22 Ligands Tvůrce(i) Fanfrlík, Jindřich (UOCHB-X) RID, ORCID
Bronowska, A. K. (DE)
Řezáč, Jan (UOCHB-X) RID, ORCID
Přenosil, Ondřej (UOCHB-X)
Konvalinka, Jan (UOCHB-X) RID, ORCID
Hobza, Pavel (UOCHB-X) RID, ORCIDCelkový počet autorů 6 Zdroj.dok. Journal of Physical Chemistry B. - : American Chemical Society - ISSN 1520-6106
Roč. 114, č. 39 (2010), s. 12666-12678Poč.str. 13 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova protein-ligand scoring ; PM6-DH2 ; HIV protease Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEP LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy 1M0508 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) UT WOS 000282209900029 DOI 10.1021/jp1032965 Anotace In this study, we introduce a fast and reliable rescoring scheme for docked complexes based on a semiempirical quantum mechanical PM6-DH2 method. The method utilizes a PM6-based Hamiltonian with corrections for dispersion energy and hydrogen bonds. The total score is constructed as the sum of the PM6-DH2 interaction enthalpy, the empirical force field (AMBER) interaction entropy, and the sum of the deformation (PM6- DH2, SMD) and the desolvation (SMD) energies of the ligand. The main advantage of the procedure is the fact that we do not add any empirical parameter for either an individual component of the total score or an individual protein-ligand complex. This rescoring method is applied to a very challenging system, namely, the HIV-1 protease with a set of ligands. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2011
Počet záznamů: 1