Počet záznamů: 1

A Reliable Docking/Scoring Scheme Based on the Semiempirical Quantum Mechanical PM6-DH2 Method Accurately Covering Dispersion and H-Bonding: HIV-1 Protease with 22 Ligands

SYSNO ASEP	0351836
Druh ASEP	J - Článek v odborném periodiku
Zařazení RIV	J - Článek v odborném periodiku
Poddruh J	Článek ve WOS
Název	A Reliable Docking/Scoring Scheme Based on the Semiempirical Quantum Mechanical PM6-DH2 Method Accurately Covering Dispersion and H-Bonding: HIV-1 Protease with 22 Ligands
Tvůrce(i)	Fanfrlík, Jindřich (UOCHB-X)_{RID, ORCID} Bronowska, A. K. (DE) Řezáč, Jan (UOCHB-X)_{RID, ORCID} Přenosil, Ondřej (UOCHB-X) Konvalinka, Jan (UOCHB-X)_{RID, ORCID} Hobza, Pavel (UOCHB-X)_{RID, ORCID}
Celkový počet autorů	6
Zdroj.dok.	Journal of Physical Chemistry B. - : American Chemical Society - ISSN 1520-6106 Roč. 114, č. 39 (2010), s. 12666-12678
Poč.str.	13 s.
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vyd.	US - Spojené státy americké
Klíč. slova	protein-ligand scoring ; PM6-DH2 ; HIV protease
Vědní obor RIV	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP	LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
	1M0508 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
CEZ	AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011)
UT WOS	000282209900029
DOI	10.1021/jp1032965
Anotace	In this study, we introduce a fast and reliable rescoring scheme for docked complexes based on a semiempirical quantum mechanical PM6-DH2 method. The method utilizes a PM6-based Hamiltonian with corrections for dispersion energy and hydrogen bonds. The total score is constructed as the sum of the PM6-DH2 interaction enthalpy, the empirical force field (AMBER) interaction entropy, and the sum of the deformation (PM6- DH2, SMD) and the desolvation (SMD) energies of the ligand. The main advantage of the procedure is the fact that we do not add any empirical parameter for either an individual component of the total score or an individual protein-ligand complex. This rescoring method is applied to a very challenging system, namely, the HIV-1 protease with a set of ligands.
Pracoviště	Ústav organické chemie a biochemie
Kontakt	asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434
Rok sběru	2011

Počet záznamů: 1