Počet záznamů: 1

Energy Matrix of Structurally Important Side-Chain/Side-Chain Interactions in Proteins

SYSNO ASEP	0351179
Druh ASEP	J - Článek v odborném periodiku
Zařazení RIV	J - Článek v odborném periodiku
Poddruh J	Článek ve WOS
Název	Energy Matrix of Structurally Important Side-Chain/Side-Chain Interactions in Proteins
Tvůrce(i)	Berka, K. (CZ) Laskowski, R. A. (GB) Hobza, P. (CZ) Vondrášek, Jiří (UOCHB-X)_{RID, ORCID}
Celkový počet autorů	4
Zdroj.dok.	Journal of Chemical Theory and Computation . - : American Chemical Society - ISSN 1549-9618 Roč. 6, č. 7 (2010), s. 2191-2203
Poč.str.	13 s.
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vyd.	US - Spojené státy americké
Klíč. slova	protein structure ; DFT method ; force fields ; interaction energy
Vědní obor RIV	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP	GAP208/10/0725 GA ČR - Grantová agentura ČR
	LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
CEZ	AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011)
	AV0Z50520701 - BTO-N (2007-2013)
UT WOS	000279751500026
DOI	10.1021/ct100007y
Anotace	The interactions between amino acid side chains in proteins are generally considered to be the most important stabilizing factor controlling the precise arrangement of the polypeptide chain into a well-defined spatial structure. We used the RI-DFT-D method to calculate the full 20 × 20 matrix of interaction energies between all pairs of amino acid side chains. We find that all of the calculated interaction energies between selected pairs of amino acids are attractive in the gas phase with the exception of side chain pairs having the same total charge. We compared these data with those calculated by the parm03 and OPLS-AA/L force fields to investigate the reliability of simple methods in modeling biomolecules and their behavior. The force fields yield good overall interaction energies for our set but have problems in evaluation of some particular interactions which could be of principal importance for protein stability.
Pracoviště	Ústav organické chemie a biochemie
Kontakt	asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434
Rok sběru	2011

Počet záznamů: 1