Počet záznamů: 1
Protonation states of the key active site residues and structural dynamics of the glmS riboswitch as revealed by molecular dynamics
- 1.
SYSNO ASEP 0347709 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Protonation states of the key active site residues and structural dynamics of the glmS riboswitch as revealed by molecular dynamics Tvůrce(i) Banáš, P. (CZ)
Walter, N.G. (US)
Šponer, Jiří (BFU-R) RID, ORCID
Otyepka, M. (CZ)Celkový počet autorů 4 Zdroj.dok. Journal of Physical Chemistry B. - : American Chemical Society - ISSN 1520-6106
Roč. 114, č. 26 (2010), s. 8701-8712Poč.str. 12 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova riboswitch ; ribozyme ; RNA structure ; molecular dynamics simulations Vědní obor RIV BO - Biofyzika CEP LC06030 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy GA203/09/1476 GA ČR - Grantová agentura ČR GD203/09/H046 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy IAA400040802 GA AV ČR - Akademie věd 1QS500040581 GA AV ČR - Akademie věd CEZ AV0Z50040507 - BFU-R (2005-2011) AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013) UT WOS 000279282600015 DOI 10.1021/jp9109699 Anotace The glmS catalytic riboswitch is part of the 5’-untranslated region of mRNAs encoding glucosamine-6-phosphate (GlcN6P) synthetase (glmS) in numerous Gram-positive bacteria. Binding of the cofactor GlcN6P induces site-specific self-cleavage of the RNA. However, detailed reaction mechanism as well as protonation state of glmS reactive form remains still elusive. To probe the dominant protonation states of key active site residues, we carried out explicit solvent molecular dynamic simulations involving various protonation states of three crucial active site moieties observed in the available crystal structures: (i) guanine G40 (following the T. tengcongensis numbering), (ii) the GlcN6P amino/ammonium group, and (iii) the GlcN6P phosphate moiety. Pracoviště Biofyzikální ústav Kontakt Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244 Rok sběru 2011
Počet záznamů: 1