Počet záznamů: 1  

A microarray for screening the variability of 16S–23S rRNA internal transcribed spacer in Pseudomonas syringae

  1. 1.
    SYSNO ASEP0345684
    Druh ASEPJ - Článek v odborném periodiku
    Zařazení RIVJ - Článek v odborném periodiku
    Poddruh JČlánek ve WOS
    NázevA microarray for screening the variability of 16S–23S rRNA internal transcribed spacer in Pseudomonas syringae
    Tvůrce(i) Lenz, Ondřej (BC-A) RID, ORCID
    Beran, Pavel (BC-A)
    Fousek, Jan (BC-A)
    Mráz, Ivan (BC-A)
    Celkový počet autorů4
    Zdroj.dok.Journal of Microbiological Methods. - : Elsevier - ISSN 0167-7012
    Roč. 82, č. 1 (2010), s. 90-94
    Poč.str.5 s.
    Jazyk dok.eng - angličtina
    Země vyd.NL - Nizozemsko
    Klíč. slovamicroarray ; ITS1 ; mosaicism
    Vědní obor RIVEE - Mikrobiologie, virologie
    CEPGP522/07/P338 GA ČR - Grantová agentura ČR
    CEZAV0Z50510513 - UMBR-M, BC-A (2005-2011)
    UT WOS000279567700014
    DOI10.1016/j.mimet.2010.05.004
    AnotaceThe 16S–23S ribosomal internal transcribed spacer (ITS1) is often used as a subspecies or strain-specific molecular marker for various kinds of bacteria. However, the presence of different copies of ITS1 within a single genome has been reported. Such mosaicism may influence correct typing of many bacteria and therefore knowledge about exact configuration of this region in a particular genome is essential. In order to screen the variability of ITS1 among and within Pseudomonas syringae genomes, an oligonucleotide microarray targeting different configurations of ITS1 was developed. The microarray revealed seven distinct variants in 13 pathovars tested and detected mosaicism within the genomes of P. syringae pv. coronafaciens, pisi, syringae and tabaci. In addition, the findings presented here challenge the using of rRNA analysis for pathovar and strain determination.
    PracovištěBiologické centrum (od r. 2006)
    KontaktDana Hypšová, eje@eje.cz, Tel.: 387 775 214
    Rok sběru2011
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.