Počet záznamů: 1
A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA
- 1.
SYSNO ASEP 0342528 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA Tvůrce(i) Lavery, R. (FR)
Zakrzewska, K. (FR)
Beveridge, D. (US)
Bishop, T. C. (US)
Case, D. A. (US)
Cheatham III, T. E. (US)
Dixit, S. (CA)
Jayaram, B. (IN)
Lankaš, Filip (UOCHB-X) RID
Laughton, Ch. (GB)
Maddocks, J. H. (CH)
Michon, A. (FR)
Osman, R. (US)
Orozco, M. (ES)
Pérez, A. (ES)
Singh, T. (IN)
Špačková, Naďa (BFU-R) RID
Šponer, Jiří (BFU-R) RID, ORCIDCelkový počet autorů 18 Zdroj.dok. Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press - ISSN 0305-1048
Roč. 38, č. 1 (2010), s. 299-313Poč.str. 15 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. GB - Velká Británie Klíč. slova B-DNA ; molecular dynamics ; sequence dependet structure and dynamics Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEP LC06030 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy IAA400040802 GA AV ČR - Akademie věd GA203/09/1476 GA ČR - Grantová agentura ČR LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) AV0Z50040507 - BFU-R (2005-2011) AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013) UT WOS 000273229100030 DOI 10.1093/nar/gkp834 Anotace Understanding and predicting base sequence effects on B-DNA properties requires an extensive structural and dynamic dataset which is currently unavailable from experiment. A consortium of laboratories was consequently formed to obtain this information using molecular simulations. This article describes simulation results providing information not only on all 10 unique base pair steps, but also on all possible neaerst-neighbor effects on these steps. These effects are found to be very significant, impying that dinucleotide models are insufficient for predicting sequence-dependent DNA properties. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2011
Počet záznamů: 1