Počet záznamů: 1  

A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA

  1. 1.
    SYSNO ASEP0342528
    Druh ASEPJ - Článek v odborném periodiku
    Zařazení RIVJ - Článek v odborném periodiku
    Poddruh JČlánek ve WOS
    NázevA systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA
    Tvůrce(i) Lavery, R. (FR)
    Zakrzewska, K. (FR)
    Beveridge, D. (US)
    Bishop, T. C. (US)
    Case, D. A. (US)
    Cheatham III, T. E. (US)
    Dixit, S. (CA)
    Jayaram, B. (IN)
    Lankaš, Filip (UOCHB-X) RID
    Laughton, Ch. (GB)
    Maddocks, J. H. (CH)
    Michon, A. (FR)
    Osman, R. (US)
    Orozco, M. (ES)
    Pérez, A. (ES)
    Singh, T. (IN)
    Špačková, Naďa (BFU-R) RID
    Šponer, Jiří (BFU-R) RID, ORCID
    Celkový počet autorů18
    Zdroj.dok.Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press - ISSN 0305-1048
    Roč. 38, č. 1 (2010), s. 299-313
    Poč.str.15 s.
    Jazyk dok.eng - angličtina
    Země vyd.GB - Velká Británie
    Klíč. slovaB-DNA ; molecular dynamics ; sequence dependet structure and dynamics
    Vědní obor RIVCF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
    CEPLC06030 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    IAA400040802 GA AV ČR - Akademie věd
    GA203/09/1476 GA ČR - Grantová agentura ČR
    LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    CEZAV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011)
    AV0Z50040507 - BFU-R (2005-2011)
    AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013)
    UT WOS000273229100030
    DOI10.1093/nar/gkp834
    AnotaceUnderstanding and predicting base sequence effects on B-DNA properties requires an extensive structural and dynamic dataset which is currently unavailable from experiment. A consortium of laboratories was consequently formed to obtain this information using molecular simulations. This article describes simulation results providing information not only on all 10 unique base pair steps, but also on all possible neaerst-neighbor effects on these steps. These effects are found to be very significant, impying that dinucleotide models are insufficient for predicting sequence-dependent DNA properties.
    PracovištěÚstav organické chemie a biochemie
    Kontaktasep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434
    Rok sběru2011
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.