Počet záznamů: 1
On the parameterization of rigid base and basepair models of DNA from molecular dynamics simulations
- 1.
SYSNO ASEP 0334367 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název On the parameterization of rigid base and basepair models of DNA from molecular dynamics simulations Tvůrce(i) Lankaš, Filip (UOCHB-X) RID
Gonzalez, O. (US)
Heffler, L. M. (CH)
Stoll, G. (CH)
Moakher, M. (TN)
Maddocks, J. H. (CH)Celkový počet autorů 6 Zdroj.dok. Physical Chemistry Chemical Physics. - : Royal Society of Chemistry - ISSN 1463-9076
Roč. 11, č. 45 (2009), s. 10565-10588Poč.str. 24 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. GB - Velká Británie Klíč. slova molecular dynamics ; coarse-grained models ; DNA mechanical properties Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEP LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) UT WOS 000271907200004 DOI 10.1039/b919565n Anotace A method is proposed to extract sequence-dependent parameters for rigid base and basepair models of DNA from atomistic molecular dynamics. The practicability of the approach is verified by estimating a complete parameter set for a palindromic oligomer. We test the assumptions of rigidity of the bases and basepairs and the locality of the quadratic internal energy. The results show that these assumptions hold rather well for the base model but not for the basepair model. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2010
Počet záznamů: 1