Počet záznamů: 1
Short communication: Molecular analysis of Potato leafroll virus isolates from the Czech Republic
- 1.
SYSNO ASEP 0328620 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Short communication: Molecular analysis of Potato leafroll virus isolates from the Czech Republic Překlad názvu Molekulární analýza izolátů viru svinutky bramboru z České republiky Tvůrce(i) Plchová, Helena (UEB-Q) RID, ORCID
Čeřovská, Noemi (UEB-Q) RID, ORCID
Moravec, Tomáš (UEB-Q) RID, ORCID
Dědič, P. (CZ)Zdroj.dok. Virus Genes. - : Springer - ISSN 0920-8569
Roč. 39, č. 1 (2009), s. 153-155Poč.str. 3 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova Potato leafroll virus ; Sequencing ; Phylogeny Vědní obor RIV EB - Genetika a molekulární biologie CEP QH71123 GA MZe - Ministerstvo zemědělství 1M06030 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z50380511 - UEB-Q (2005-2011) UT WOS 000267299900021 DOI 10.1007/s11262-009-0374-x Anotace The complete genomes of three Czech isolates VIRUBRA 1/045, VIRUBRA 1/046, and VIRUBRA 1/047 of Potato leafroll virus (PLRV) were sequenced and compared with 13 complete sequences of PLRV isolates available in GenBank. Among the Czech isolates, VIRUBRA 1/046 and 1/047 showed the highest nucleotide (nt) identity (98.7%). PLRV was the most conserved virus in both open reading frames (ORFs) 3 and 4. The most variable regions were ORFs 0 and Rap1. Interestingly, isolate VIRUBRA 1/045 significantly differed from the other two Czech isolates in ORFs 0 and 1. Moreover, we identified mutations in the amino acid (aa) sequences, which were specific for the Czech isolates. Phylogenetic analysis based on ORF0 showed that the Czech isolates could be classified in two of the three groupings of the phylogenetic tree obtained. This is the first report on sequence analysis of the genome sequences of PLRV isolates from the Czech Republic. Pracoviště Ústav experimentální botaniky Kontakt David Klier, knihovna@ueb.cas.cz, Tel.: 220 390 469 Rok sběru 2010
Počet záznamů: 1