Počet záznamů: 1
Representative amino acid side chain interactions in proteins. A comparison of highly accurate correlated ab initio quantum chemical and empirical potential procedures
- 1.
SYSNO ASEP 0324799 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Representative amino acid side chain interactions in proteins. A comparison of highly accurate correlated ab initio quantum chemical and empirical potential procedures Překlad názvu Reprezentativní interakce aminokyselin v proteinech: srovnání přesných ab-initio kvantově chemických výpočtů s empirickými potenciály Tvůrce(i) Berka, Karel (UOCHB-X)
Laskowski, R. (GB)
Riley, K. E. (PR)
Hobza, Pavel (UOCHB-X) RID, ORCID
Vondrášek, Jiří (UOCHB-X) RID, ORCIDCelkový počet autorů 5 Zdroj.dok. Journal of Chemical Theory and Computation . - : American Chemical Society - ISSN 1549-9618
Roč. 5, č. 4 (2009), s. 982-992Poč.str. 11 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova amino acid ; ab initio methods ; empirical potentials Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEP GA203/05/0009 GA ČR - Grantová agentura ČR GD203/05/H001 GA ČR - Grantová agentura ČR IAA400550510 GA AV ČR - Akademie věd LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) UT WOS 000265268800037 DOI 10.1021/ct800508v Anotace Interactions between amino acid side chains play a crucial role both within a folded protein and between the interacting protein molecules. Here we have selected a representative set of 24 of the 400 (20 × 20) possible interacting side chain pairs and computed the interaction energy in the gas phase using several different, commonly used, ab initio and force field methods, namely Møller-Plesset perturbation theory (MP2), density functional theory combined with symmetry-adapted perturbation theory (DFT-SAPT), density functional theory empirically augmented with an empirical dispersion term (DFT-D), and empirical potentials using the OPLS-AA/L and Amber03 force fields. All the methods were compared against a reference method taken to be the CCSD(T) level of theory extrapolated to the complete basis set limit. We found a high degree of agreement between the different methods, even though the range of binding energies obtained was extremely large. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2009
Počet záznamů: 1