Počet záznamů: 1
Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration
- 1.
SYSNO ASEP 0323668 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration Překlad názvu Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků ze sériových fyzických řezů s použitím konfokální mikroskopie a korekce deformací elastickou deformací Tvůrce(i) Čapek, Martin (FGU-C) RID, ORCID
Brůža, Petr (FGU-C)
Janáček, Jiří (FGU-C) RID, ORCID
Karen, Petr (FGU-C)
Kubínová, Lucie (FGU-C) RID, ORCID
Vagnerová, R. (CZ)Zdroj.dok. Microscopy Research and Technique - ISSN 1059-910X
Roč. 72, č. 2 (2009), s. 110-119Poč.str. 10 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova 3D reconstruction ; elastic registration ; confocal microscopy Vědní obor RIV JD - Využití počítačů, robotika a její aplikace CEP IAA100110502 GA AV ČR - Akademie věd IAA500200510 GA AV ČR - Akademie věd GA102/08/0691 GA ČR - Grantová agentura ČR LC06063 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z50110509 - FGU-C (2005-2011) UT WOS 000263511100008 DOI 10.1002/jemt.20652 Anotace A set of methods leading to volume reconstruction of biological specimens larger than the field of view of a confocal laser scanning microscope (CLSM) is presented. Large tissue specimens are cut into thin physical slices and volume data sets are captured from all studied physical slices by CLSM. Overlapping spatial tiles of the same physical slice are stitched in horizontal direction. Image volumes of successive physical slices are linked in axial direction by applying an elastic registration algorithm to compensate for deformations due to cutting the specimen. We present a method enabling us to keep true object morphology using a-priori information about the shape and size of the specimen, available from images of the cutting planes captured by a USB light microscope immediately before cutting the specimen by a microtome. The errors introduced by elastic registration are evaluated using a stereological point counting method and the Procrustes distance Pracoviště Fyziologický ústav Kontakt Lucie Trajhanová, lucie.trajhanova@fgu.cas.cz, Tel.: 241 062 400 Rok sběru 2009
Počet záznamů: 1