Počet záznamů: 1
Identifying stabilizing key residues in proteins using interresidue interaction energy matrix
- 1.
SYSNO ASEP 0314780 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Identifying stabilizing key residues in proteins using interresidue interaction energy matrix Překlad názvu Identifikace klíčových reziduí pro stabilizaci proteinu použitím matice interakční energie Tvůrce(i) Biedermannová, Lada (UOCHB-X)
Hobza, Pavel (UOCHB-X) RID, ORCID
Vondrášek, Jiří (UOCHB-X) RID, ORCIDZdroj.dok. Proteins-Structure, Function and Bioinformatics. - : Wiley - ISSN 0887-3585
Roč. 72, č. 1 (2008), s. 402-413Poč.str. 12 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova protein stabilisation ; an-initio calculation ; interaction energy Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEP GA203/05/0009 GA ČR - Grantová agentura ČR GA203/06/1727 GA ČR - Grantová agentura ČR GD203/05/H001 GA ČR - Grantová agentura ČR LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) UT WOS 000256609800035 DOI 10.1002/prot.21938 Anotace We are proposing an interresidue interaction energy map (IEM) – a new tool for protein structure analysis and protein bioinformatics. This approach employs the sum of pair-wise interaction energies of a particular residue as a measure of its structural importance. For the theoretical adjustment of the proposed method, we chose the Trp-cage mini protein as a model system to compare a spectrum of computational methods ranging from the ab initio MP2 level through the DFT method to empirical forcefield methods. The IEM method correctly identifies Tryptophane 6 as the key residue in the Trpcage. The other residues with the highest stabilizing contributions correspond to the structurally important positions in the protein. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2009
Počet záznamů: 1