Počet záznamů: 1

Geometrical and electronic structure variability of the sugar-phosphate backbone in nucleic acids

SYSNO ASEP	0310366
Druh ASEP	J - Článek v odborném periodiku
Zařazení RIV	J - Článek v odborném periodiku
Poddruh J	Článek ve WOS
Název	Geometrical and electronic structure variability of the sugar-phosphate backbone in nucleic acids
Překlad názvu	Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách
Tvůrce(i)	Svozil, Daniel (UOCHB-X) Šponer, Judit E. (BFU-R)_{RID, ORCID} Marchan, I. (ES) Pérez, A. (ES) Cheatham III., T.E. (US) Forti, F. (ES) Luque, F.J. (ES) Orözcö, M. (ES) Šponer, Jiří (BFU-R)_{RID, ORCID}
Zdroj.dok.	Journal of Physical Chemistry B. - : American Chemical Society - ISSN 1520-6106 Roč. 112, č. 27 (2008), s. 8188-8197
Poč.str.	10 s.
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vyd.	US - Spojené státy americké
Klíč. slova	molecular dynamics ; force field ; quantum chemistry
Vědní obor RIV	BO - Biofyzika
CEP	LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
	IAA400550701 GA AV ČR - Akademie věd
	1QS500040581 GA AV ČR - Akademie věd
CEZ	AV0Z50040507 - BFU-R (2005-2011)
	AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013)
	AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011)
UT WOS	000257335200031
DOI	10.1021/jp801245h
Anotace	Quantum chemistry was used to describe alpha/gamma energetics and to access Amber force field parm99 and parmbsc0. This was tested on two models systems: SPM consisting of a sugar and methyl group linked through a phosphodiester bond and sPSOM consisting of two deoxyribose residues (without the bases) connected via a phosphodiester bond. A comparison of the ab initio data with the ff99 potential energy surface clearly reveals an incorrect ff99 force-field description in the regions where the gamma torsion is in the trans conformation.
Pracoviště	Biofyzikální ústav
Kontakt	Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244
Rok sběru	2009

Počet záznamů: 1