Elbow flexibility of the kt38 RNA kink-turn motif investigated by free-energy molecular dynamics simulations

0331241 - BFÚ 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Curuksu, J. - Šponer, Jiří - Zacharias, M.
Elbow flexibility of the kt38 RNA kink-turn motif investigated by free-energy molecular dynamics simulations.
[Flexibilita kink turn motivu 38 studovaná molekulově dynamickými simulacemi.]
Biophysical Journal. Roč. 97, č. 7 (2009), s. 2004-2013. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GA203/09/1476
Program: GA
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: umbrella-sampling * molecular dynamics * A-minor interaction
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.390, rok: 2009

Umbrella-sampling molecular dynamics simulations were used to disrupt an A-minor interaction in the ribosomal kt38 turn and to calculate the associated free-energy change. The simulations revealed a coupled A-minor disruption and global opening of the K-turn motif, and allowed us to characterize several intermediate A-minor conformations.

Molekulově dynamické simulace s využitím umbrella sampling byly použity ke studiu A-minor interakce v kink turn 38. Tato interakce byla cíleně porušena a byla vypočtena volná energie spojená s otevřením kink turnu. Současně bylo detekováno několik substavů, které může A-minor zaujmout při otevírání kink turnu.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0176812