Short communication: Molecular analysis of Potato leafroll virus isolates from the Czech Republic

0328620 - ÚEB 2010 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Plchová, Helena - Čeřovská, Noemi - Moravec, Tomáš - Dědič, P.
Short communication: Molecular analysis of Potato leafroll virus isolates from the Czech Republic.
[Molekulární analýza izolátů viru svinutky bramboru z České republiky.]
Virus Genes. Roč. 39, č. 1 (2009), s. 153-155. ISSN 0920-8569. E-ISSN 1572-994X
Grant CEP: GA MZe QH71123; GA MŠMT 1M06030
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50380511
Klíčová slova: Potato leafroll virus * Sequencing * Phylogeny
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 1.705, rok: 2009

The complete genomes of three Czech isolates VIRUBRA 1/045, VIRUBRA 1/046, and VIRUBRA 1/047 of Potato leafroll virus (PLRV) were sequenced and compared with 13 complete sequences of PLRV isolates available in GenBank. Among the Czech isolates, VIRUBRA 1/046 and 1/047 showed the highest nucleotide (nt) identity (98.7%). PLRV was the most conserved virus in both open reading frames (ORFs) 3 and 4. The most variable regions were ORFs 0 and Rap1. Interestingly, isolate VIRUBRA 1/045 significantly differed from the other two Czech isolates in ORFs 0 and 1. Moreover, we identified mutations in the amino acid (aa) sequences, which were specific for the Czech isolates. Phylogenetic analysis based on ORF0 showed that the Czech isolates could be classified in two of the three groupings of the phylogenetic tree obtained. This is the first report on sequence analysis of the genome sequences of PLRV isolates from the Czech Republic.

Kompletní genomy tří českých izolátů VIRUBRA 1/045, VIRUBRA 1/046 a VIRUBRA 1/047 viru svinutky bramboru (PLRV) byly osekvenovány a porovnány s 13 kompletními sekvencemi izolátů PLRV z genové banky. Z českých izolátů vykazovaly nejvyšší nukleotidovou identitu (98.7%) izoláty VIRUBRA 1/046 a 1/047. PLRV virus byl nejvíce konzervovaný ve čtecích rámcích ORF 3 a 4. Nejvíce variabilní oblasti oblasti byly ORF 0 a Rap1. Izolát VIRUBRA 1/045 se významně lišil od ostatních dvou českých izolátů v ORF 0 a 1. Navíc jsme identifikovali mutace v aminokyselinových sekvencích, které byly specifické pro české izoláty. Fylogenetická analýza založená na ORF0 zařadila české izoláty do dvou ze tří skupin získaného fylogenetického stromu. Toto je první analýza genomových sekvencí PLRV izolátů z České republiky.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0174899