Actinorhodopsin genes discovered in diverse freshwater habitats and among cultivated freshwater .i.Actinobacteria./i

0328168 - BC 2010 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Sharma, A. K. - Sommerfeld, K. - Bullerjahn, G. S. - Matteson, A. R. - Wilhelm, S. W. - Jezbera, Jan - Brandt, U. - Doolittle, W.F. - Hahn, M.W.
Actinorhodopsin genes discovered in diverse freshwater habitats and among cultivated freshwater Actinobacteria
[Aktinorodopsinové geny objeveny v rozličných sladkovodních habitatech a mezi kultivovanými sladkovodními Aktinobakteriemi.]
The ISME Journal. Roč. 3, č. 6 (2009), s. 726-737. ISSN 1751-7362. E-ISSN 1751-7370
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z60170517
Klíčová slova: rhodopsins * actinorhodopsin * freshwater * Actinobacteria * Superior * Erie
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 6.397, rok: 2009

Microbial rhodopsins are membrane proteins that utilize a retinal chromophore to harvest sunlight for energetic and photosensory functions. Recently, a group of novel rhodopsin sequences named 'actinorhodopsins' (ActRs) was hypothesized to exist among uncultured planktonic Actinobacteria. ActRs were discovered by mining metagenomic data obtained during the Venter Institute's Global Ocean Sampling expedition, from a hypersaline lagoon, two estuaries and a freshwater lake. On the basis of these findings, and many studies that show Actinobacteria are common inhabitants of lakes, we predicted that ActR genes would likely be present in other freshwater habitats and among the genomes of cultivated Actinobacteria. Using degenerate polymerase chain reaction primers, we discovered an ActR gene present in an actinobacterial isolate of the family Microbacteriaceae.

Mikrobiální rodopsiny jsou membránové proteiny, které utilizují retinální chromofory za účelem využití sluneční energie pro pokrytí energetických a fotosenzorických funkcí. V nedávné době, nová skupina rodopsinových sekvencí (aktinorodopinů, ActRs) byla navržena mezi nekultivovatelnými Aktinobakteriemi. ActRs byly objeveny rozborem dat získaných během metagenomického získávání data v rámci Venterova Institutu (GOS) z hypersalinní laguny, dvou ústí a sladkovodního jezera. Na základě tohoto zjištění a dalších studií, které ukazují Aktinobakterie jako běžné obyvatele jezer můžeme předpovídat masivní rozšíření ActRs genů v ostatních sladkovodních habitatech i mezi genomy kultivovaných Aktinobakterií.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0174548