Návrh a testování specifických primerů pro detekci karanténní bakterie Xanthomonas vesicatoria

0370246 - BC 2012 RIV CZ cze J - Článek v odborném periodiku
Beran, Pavel - Mráz, Ivan
Návrh a testování specifických primerů pro detekci karanténní bakterie Xanthomonas vesicatoria.
[Design and testing of primers specific for detection of quarantine bacterium Xanthomonas vesicatoria.]
Úroda. Roč. 12, - (2011), s. 205-208. ISSN 0139-6013.
[Aktuální poznatky v pěstování, šlechtění, ochraně rostlin a zpracování produktů. Brno, 15.11.2011-16.11.2011]
Grant CEP: GA MZe QH71229
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50510513
Klíčová slova: Xanthomonas vesicatoria * PCR * detection * primers
Kód oboru RIV: GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin

V této studii popisujeme vývoj metody PCR pro detekci karanténní bakterie Xanthomonas vesicatoria, která je patogenní pro rajče a papriku. Pár primerů XV1F a XV1R byl navržen na základě DNA sekvence genu atpD (získané ze sbírkového kmenu Xv CCM 2102) tak, aby byl specifický pouze pro detekci Xanthomonas vesicatoria. Tyto námi navržené primery poskytovaly (výsledný) amplifikační produkt o velikosti 356 bp a rovněž vykazovaly vysokou specifičnost. Při testování primerů na specifičnost soubor testovaných bakterií zahrnoval mnoho bakterií patogenních pro rajče a papriku (včetně rodu Xanthomonas) a některé další bakterie. K pozitivní PCR reakci však docházelo pouze tehdy, byla.-li použita templátová DNA vyizolovaná z Xanthomonas vesicatoria. Dodržením protokolu popsaném v tomto článku lze rychle a spolehlivě identifikovat bakterii Xanthomonas vesicatoria. Dle dostupných informací se jedná o první dvojici primerů, detekující specificky pouze bakteriální druh Xanthomonas vesicatoria.

In this study we present development of PCR method for detection of Xanthomonas vesicatoria, the bacteria pathogenic for tomato and pepper. Primer pair XV1F and XV1R was designed based on DNA sequence of atpD gene (obtained from Xv CCM 2102 collection strain) in order to be specific for detection of Xanthomonas vesicatoria. PCR product of 326 bp was observed only if DNA isolated from Xanthomonas vesicatoria was used as a template. Collection of bacteria tested contained a lot of bacteria pathogenic for tomato and pepper (including Xanthomonas genus) and some other bacteria. Following the protocol described in this article Xanthomonas vesicatoria can be identified rapidly and reliably. To date, there is no report of such primers for specific detection of Xanthomonas vesicatoria.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0204100