Detekce bakterií a archeí v půdě a v sedimentech pomocí metody CARD-FISH

0350624 - BC 2011 RIV SK cze C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Kahounová, Ludmila - Chroňáková, Alica - Frouz, Jan - Krištůfek, Václav
Detekce bakterií a archeí v půdě a v sedimentech pomocí metody CARD-FISH.
[Detection of bacteria and archaea in soil and sediments using CARD-FISH method.]
Život v pôde XI. Zborník z medzinárodného seminára. Bratislava: Vydavateľstvo Univerzity Komenského, 2010, s. 80-96. ISBN 978-80-223-2796-1.
[Život v pôde /11./. Bratislava (SK), 26.01.2010-27.01.2010]
Grant CEP: GA MŠMT LC06066; GA ČR GA206/09/1642; GA ČR GA526/09/1570
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z60660521
Klíčová slova: CARD-FISH * pasture soil * bat guano
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva

Pomocí metody CARD-FISH (catalyzed reporter deposition – fluorescence in situ hybridization) bylo detekováno mikrobiální zastoupení archeí, bakterií a aktinobakterií ve třech významně odlišných prostředích: v půdě podhorské pastviny, v netopýřím guánu z jeskyně a v miocenním sedimentu. V těchto rozdílných substrátech byly z naměřených dat vyhodnoceny rozdíly v mikrobiálním společenstvu a výsledky byly porovnány s celkovým počtem bakterií (DAPI) a počtem kolonií bakterií (CFU). V půdě podhorských pastvin rostl počet bakterií a archeí, stanovených pomocí CARD-FISH metody, s mírou zatížení půdy pastvou skotu. Tento trend potvrzovaly i celkové počty buněk (DAPI) a stanovení počtu CFU buněk. Nejvyšší počty bakterií a archeí v gramu suché půdy byly na ploše nejvíce ovlivněné pobytem skotu (3,97 x 10⁹ resp. 3,62 x 10⁸) a nejnižší na kontrolní ploše bez vlivu zvířat (0,55 x 10⁹ resp. 0,35 x 10⁸).

The CARD-FISH (catalyzed reporter deposition - fluorescence in situ hybridization) method together with total bacterial counts (DAPI), colony forming units (CFU) and culturable-to-total (C/T) cell ratio was used to determine the prokaryotic community composition in three different types of samples: upland pasture soil, bat guano from cave and Miocene sediment. The occurrence of Archaea, Bacteria and major bacterial group Actinobacteria were studied using CARD-FISH analysis. In upland pasture soil, all quantitative characteristics (CARD-FISH-stained archeal and bacterial cells, DAPI, CFU and index C/T) increased considerably with the degree of animal impact. Absolute values for Bacteria, Archaea ranged from 0.55 x 10⁹ to 3.97 x 10⁹ cells g^-1 dry soil and from 0.35 x 10⁸ to 3.62 x 10⁸ cells g^-1 dry soil, respectively, being the highest at severe impacted site and the lowest at control soil.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0190577