Reference quantum chemical calculations on RNA base pairs directly involving the 2'-OH group of ribose

0324598 - BFÚ 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šponer, Jiří - Zgarbová, M. - Jurečka, Petr - Riley, K.E. - Šponer, Judit E. - Hobza, Pavel
Reference quantum chemical calculations on RNA base pairs directly involving the 2'-OH group of ribose.
[Referenční kvantově chemické výpočty párů bází RNA přímo využívajících 2'-OH skupinu ribózy.]
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 5, č. 4 (2009), s. 1166-1179. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA AV ČR(CZ) IAA400550701; GA MŠMT(CZ) LC06030; GA MŠMT(CZ) LC512
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
Klíčová slova: RNA * ribose * quantum calculations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 4.804, rok: 2009

We report reference quantum chemical calculations of base pairing energies for a representative selection of 25 RNA base pairs utilizing the ribose moiety for base pairing, including structures with amino akceptor interactions. These calculations confirm that, compared to canonical base pairs, many RNA base pairs exhibit a modestly increased role of dispersion attraction compared to canonical base pairs.

Popisujeme kvantově chemické výpočty energií 25 vybraných párů bází využívajících 2'-OH skupinu ribózy v interakcích. Výpočty potvrzují, že tyto páry vykazují mírně zvýšenou roli disperzních sil ve srovnání s kanonickými páry bází.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0172250