Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images

0313831 - FGÚ 2009 RIV CZ eng K - Konferenční příspěvek (tuzemská konf.)
Čapek, Martin - Janáček, Jiří - Kubínová, Lucie - Smrčka, P. - Hána, K.
Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images.
[Ohodnocení chyby objemové rekonstrukce biologických vzorků z konfokálních obrazů.]
CTU REPORTS : Proceedings of Workshop 2008. Praha: CTU Publishing House, 2008, s. 438-439. ISBN 978-80-01-04016-4.
[CTU Workshop 2008. Prague (CZ), 18.02.2008-22.02.2008]
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06063; GA ČR(CZ) GA102/08/0691; GA AV ČR(CZ) IAA500200510; GA AV ČR(CZ) IAA100110502
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50110509
Klíčová slova: error assessment * volume reconstruction
Kód oboru RIV: JD - Využití počítačů, robotika a její aplikace

We performed both volume reconstructions using images captured by the USB microscope and images captured by the confocal microscope. We manually marked important corresponding structures in both reconstructed data sets, and computed distances between corresponding structures, assuming that structures in the reconstruction from USB microscope data are without deformations. According to our expectations, the main errors of high-resolution volume reconstruction (from confocal data) are in the direction of physical cutting (vary in units of millimeters) and in the direction perpendicular to cutting due to off-cut (vary in tenths of millimeters)

Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu. Tlusté preparáty je nutno nakrájet na fyzické řezy mikrotomem, avšak krájení způsobuje deformaci a ztrátu části informace prořezem, které vedou k chybám následné objemové rekonstrukce. Pro získání informace o deformaci jsme USB mikroskopem Dino-Lite zaznamenali řezné plochy preparátu zalitého v parafinu před jeho nakrájením, tj. bez deformací. Po nasnímání fyzických řezů vyhodnocujeme chybu deformace pomocí Prokrustovy vzdálenosti, která kvantifikuje střední kvadratickou vzdálenost tvarů vyjádřených pomocí bodů
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0164534